Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Fam159b-201ENSMUST00000043061 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Cdx2-201ENSMUST00000031650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Rlf-201ENSMUST00000056635 6242 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Rab17-204ENSMUST00000131428 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Smoc2-201ENSMUST00000024660 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Cxcr3-201ENSMUST00000056614 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Gm12620-201ENSMUST00000119791 1986 ntBASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Gm12612-201ENSMUST00000140182 1986 ntBASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Glyr1-202ENSMUST00000115844 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Glyr1-201ENSMUST00000023189 3330 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Il11ra1-201ENSMUST00000098132 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 2010007H06Rik-202ENSMUST00000186025 4934 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Tpm2-201ENSMUST00000030184 2175 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Khdrbs1-201ENSMUST00000066257 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Gm15512-201ENSMUST00000137359 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Mapk8ip3-207ENSMUST00000121723 5410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Reep1-201ENSMUST00000121469 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Slc44a5-201ENSMUST00000089948 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Rtf1-201ENSMUST00000028767 4664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lima1Q9ERG0 Gnb1-201ENSMUST00000030940 3131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ubqln1-201ENSMUST00000058735 3686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Gm33142-201ENSMUST00000193913 867 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ndufb8-201ENSMUST00000026222 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Nudt16l1-201ENSMUST00000050881 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ntng2-210ENSMUST00000177689 1679 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Slc10a3-202ENSMUST00000073067 1910 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Gmpr2-201ENSMUST00000002397 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Bcl2l14-206ENSMUST00000163589 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Hgfac-201ENSMUST00000030985 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Bri3bp-201ENSMUST00000049040 6473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Irs3-201ENSMUST00000057314 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Cdk2-202ENSMUST00000026416 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Clcnka-201ENSMUST00000042617 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Slc43a1-203ENSMUST00000111625 2487 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Cep170-205ENSMUST00000192961 2708 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ctnnb1-201ENSMUST00000007130 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Chd4-201ENSMUST00000056889 6697 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Cc2d1b-201ENSMUST00000030320 3303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Rasal3-204ENSMUST00000135618 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Chodl-201ENSMUST00000023568 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Zfp865-201ENSMUST00000076251 7503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Pla2g2c-201ENSMUST00000030530 1618 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Efemp2-204ENSMUST00000165485 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Rgs3-201ENSMUST00000065870 4698 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 AC153794.1-201ENSMUST00000169148 126 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Lce1k-201ENSMUST00000179917 663 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Cdkn2aip-202ENSMUST00000212175 3393 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ece2-201ENSMUST00000003898 3152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Nkx6-1-201ENSMUST00000044125 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Fech-201ENSMUST00000025484 2901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Gm44291-201ENSMUST00000203102 2865 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Rnf146-201ENSMUST00000037548 4402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Mier2-201ENSMUST00000062855 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Kif3a-201ENSMUST00000057330 2290 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Zfp12-201ENSMUST00000032591 5265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Aqp11-205ENSMUST00000206389 3737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Cacng2-201ENSMUST00000019290 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Caprin2-201ENSMUST00000072324 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Fars2-205ENSMUST00000224241 1665 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Jdp2-202ENSMUST00000171754 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Prkcz-201ENSMUST00000030922 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Fam103a1-201ENSMUST00000042166 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 1700034H15Rik-202ENSMUST00000139827 4354 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Acot6-201ENSMUST00000056822 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Gm14261-201ENSMUST00000145105 1429 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Nde1-201ENSMUST00000023359 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Iqcb1-201ENSMUST00000023535 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Pth1r-204ENSMUST00000198865 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Epha2-201ENSMUST00000006614 3913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Gm13830-201ENSMUST00000124378 417 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Gm7507-201ENSMUST00000183053 1008 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Zfp651-201ENSMUST00000093772 6353 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 S100a16-202ENSMUST00000098911 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Nupl2-201ENSMUST00000049887 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Dnajc6-202ENSMUST00000094953 5322 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Syn2-201ENSMUST00000009538 2708 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ush1g-201ENSMUST00000103037 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Cgnl1-203ENSMUST00000122065 4487 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 BC005537-201ENSMUST00000019276 5849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ddx39-201ENSMUST00000019576 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Hps1-204ENSMUST00000160455 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Tmem30b-201ENSMUST00000042975 2991 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Fbxl12-205ENSMUST00000140702 1555 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Ovol2-202ENSMUST00000103171 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Adgrb2-208ENSMUST00000121049 4871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Gm43509-201ENSMUST00000196551 2594 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Lima1Q9ERG0 Wwp2-205ENSMUST00000212543 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 66.8 ms