Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Gm17949-201ENSMUST00000210548 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Snhg10-202ENSMUST00000222812 527 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Tgif2-202ENSMUST00000081335 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Upf1-202ENSMUST00000215817 4518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Zfp628-201ENSMUST00000116354 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Tomm34-202ENSMUST00000109384 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Elovl6-205ENSMUST00000199910 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 9330121J05Rik-201ENSMUST00000192267 3009 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Hs3st1-201ENSMUST00000053116 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Ablim1-209ENSMUST00000111546 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Syt12-201ENSMUST00000059295 3581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Chuk-201ENSMUST00000026217 3502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Rsph6a-202ENSMUST00000076887 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Rnf11-201ENSMUST00000030284 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 4930481A15Rik-201ENSMUST00000128542 2106 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 5033426O07Rik-202ENSMUST00000212635 2110 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Six1-201ENSMUST00000050029 3316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Scp2-201ENSMUST00000030340 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Tmem184a-201ENSMUST00000044002 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Retreg3-201ENSMUST00000017946 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Gm43205-201ENSMUST00000198622 1968 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Scap-201ENSMUST00000098350 4227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Chrna2-202ENSMUST00000206455 1933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Hoxb5-201ENSMUST00000049272 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Mob4-202ENSMUST00000159311 1816 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Mboat4-201ENSMUST00000095345 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Dnajb3-201ENSMUST00000119972 1051 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 5430402O13Rik-201ENSMUST00000126537 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Pabpn1l-202ENSMUST00000212966 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Lifr-201ENSMUST00000067190 4143 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Magi1-208ENSMUST00000204347 7929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Gid8-201ENSMUST00000029090 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Nucb1-201ENSMUST00000033096 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Fem1a-201ENSMUST00000060253 6816 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Bst1-201ENSMUST00000101237 2856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Sema3b-202ENSMUST00000102529 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Klhl9-201ENSMUST00000094993 4174 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Grwd1-202ENSMUST00000131384 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Camk2b-205ENSMUST00000093355 1973 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Helt-201ENSMUST00000058636 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Pitpnm1-202ENSMUST00000100022 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Cdx2-201ENSMUST00000031650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Serpinf1-201ENSMUST00000000769 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Kdm6b-201ENSMUST00000094077 6654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Lingo3-201ENSMUST00000053986 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Erich6-201ENSMUST00000041115 2195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Mcrs1-202ENSMUST00000163506 1795 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Arl11-202ENSMUST00000224727 2095 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Rhot1-202ENSMUST00000055056 4260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Asah1-201ENSMUST00000034000 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Trappc9-203ENSMUST00000168191 3127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Spcs1-201ENSMUST00000186131 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Clybl-201ENSMUST00000026625 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Hmgb1-202ENSMUST00000093196 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Nup62-205ENSMUST00000208626 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Nup62-201ENSMUST00000057195 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Cpne1-202ENSMUST00000109607 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Cgnl1-203ENSMUST00000122065 4487 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Foxp1-208ENSMUST00000113329 1926 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Ppef2-201ENSMUST00000031359 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Npr3-201ENSMUST00000066529 6892 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Foxo4-201ENSMUST00000062000 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Nck1-202ENSMUST00000116522 4476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Snx14-204ENSMUST00000165315 3109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Pex5-201ENSMUST00000035861 3139 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Inha-201ENSMUST00000037330 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Hs3st3b1-201ENSMUST00000094103 4911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Pja1-205ENSMUST00000167246 2666 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Trim3-205ENSMUST00000147044 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Rspry1-207ENSMUST00000212729 2800 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Ilvbl-204ENSMUST00000218271 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Gm17193-201ENSMUST00000116345 691 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Tmem50a-201ENSMUST00000030626 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Strap-201ENSMUST00000064910 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Rnf40Q3U319 Gm42743-201ENSMUST00000051089 1511 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Tub-202ENSMUST00000119474 2097 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Cndp2-201ENSMUST00000025546 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm6858-201ENSMUST00000208582 1468 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm26534-201ENSMUST00000181687 1724 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gmpr2-201ENSMUST00000002397 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Wdr46-201ENSMUST00000025170 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gpc6-201ENSMUST00000078849 1668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Jakmip1-212ENSMUST00000174629 1941 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Prdm4-207ENSMUST00000220032 3962 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gdpd2-202ENSMUST00000113744 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Igsf8-204ENSMUST00000139528 2866 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.2 ms