Protein–RNA interactions for Protein: P48377

Rfx1, MHC class II regulatory factor RFX1, mousemouse

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rfx1P48377 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Ppp1r11-201ENSMUST00000040402 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Sema4c-201ENSMUST00000114991 3773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Per3-201ENSMUST00000103204 5999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Gm17108-201ENSMUST00000168625 2877 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Cdx2-201ENSMUST00000031650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Samm50-201ENSMUST00000023071 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Neurod2-201ENSMUST00000041685 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Atat1-214ENSMUST00000149277 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 AI849053-201ENSMUST00000181021 2658 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Tmem201-201ENSMUST00000054459 4631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Scamp1-201ENSMUST00000022197 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Psen2-201ENSMUST00000010753 2004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Rimkla-201ENSMUST00000049994 4097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Dcakd-201ENSMUST00000021313 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Lmcd1-201ENSMUST00000032376 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Phospho2-201ENSMUST00000028494 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Brd7-201ENSMUST00000034085 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Sgta-202ENSMUST00000218208 1964 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Gm29208-203ENSMUST00000213687 2219 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Arl5b-206ENSMUST00000193836 481 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Gm45709-201ENSMUST00000213052 1075 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Fam167a-201ENSMUST00000121288 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Plod2-203ENSMUST00000160359 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Dnajc7-201ENSMUST00000014339 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Acvrl1-204ENSMUST00000120028 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Myo15b-202ENSMUST00000093911 9340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Syt17-204ENSMUST00000203796 2957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Rfx1P48377 Rgs20-201ENSMUST00000002533 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Arap3-201ENSMUST00000042944 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Rspo4-201ENSMUST00000042217 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gfod1-201ENSMUST00000055341 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gmppa-202ENSMUST00000113584 1692 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Ddx39-201ENSMUST00000019576 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Ptprs-211ENSMUST00000223859 5588 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Fgfr3-203ENSMUST00000114411 4225 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Asf1b-201ENSMUST00000005607 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Efr3b-201ENSMUST00000111178 6547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Cbl-201ENSMUST00000037644 4901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gm11860-201ENSMUST00000122346 1010 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Rnf170-208ENSMUST00000153528 1026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gm26827-201ENSMUST00000181911 148 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Hoxa6-201ENSMUST00000062829 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Rnf121-202ENSMUST00000096639 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Ubn2-201ENSMUST00000039127 4243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Sapcd2-201ENSMUST00000028329 3121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Bcan-201ENSMUST00000090971 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Cant1-201ENSMUST00000017620 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Pcdha7-201ENSMUST00000192631 5337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Zfp423-202ENSMUST00000109655 4907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gm16796-201ENSMUST00000126086 3172 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Ttll11-201ENSMUST00000028248 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Foxa1-201ENSMUST00000044380 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Rnf208-202ENSMUST00000114355 1333 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Cblb-201ENSMUST00000114471 6648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Papd7-204ENSMUST00000223344 2118 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Tmem33-204ENSMUST00000161369 6164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Tmem26-201ENSMUST00000080995 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Dhx33-202ENSMUST00000108527 5184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Sowaha-201ENSMUST00000104955 3702 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Fam76b-201ENSMUST00000059579 3702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Rexo4-201ENSMUST00000064244 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gm35240-201ENSMUST00000218335 661 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Nek1-202ENSMUST00000120689 5478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Cdkn1b-201ENSMUST00000003115 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Tpbg-202ENSMUST00000098500 3481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Phf12-201ENSMUST00000049167 4410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Upf1-202ENSMUST00000215817 4518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Hnrnpm-201ENSMUST00000087582 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Cnbp-203ENSMUST00000113619 1661 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gss-201ENSMUST00000079691 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Nagk-203ENSMUST00000113851 1323 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Endod1-201ENSMUST00000167549 4470 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Mbtps2-201ENSMUST00000058098 4797 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Zbtb20-202ENSMUST00000114690 2759 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 2210011K15Rik-201ENSMUST00000190690 1741 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Ythdc2-201ENSMUST00000037763 7215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Tnxb-202ENSMUST00000168533 9381 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Slc16a9-201ENSMUST00000046807 3756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Ints10-203ENSMUST00000110241 2322 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Grn-201ENSMUST00000049460 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 9130024F11Rik-202ENSMUST00000185204 2628 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Fam109b-201ENSMUST00000050349 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Mir770-201ENSMUST00000103252 94 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gm22697-201ENSMUST00000175194 63 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gm7367-201ENSMUST00000057611 492 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Sidt2-201ENSMUST00000038488 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Rfx1P48377 Gde1-201ENSMUST00000038791 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.1 ms