Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
ShhQ62226 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
ShhQ62226 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
ShhQ62226 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
ShhQ62226 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ShhQ62226 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
ShhQ62226 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ShhQ62226 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
ShhQ62226 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
ShhQ62226 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ShhQ62226 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
ShhQ62226 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
ShhQ62226 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20 ms