Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col6a1Q04857 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Gm6217-201ENSMUST00000222182 829 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Scand1-201ENSMUST00000079125 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Hrasls-204ENSMUST00000162747 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Col6a1Q04857 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Col6a1Q04857 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Rps19-202ENSMUST00000108429 633 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Col6a1Q04857 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Col6a1Q04857 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC25■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 266.9 ms