Protein–RNA interactions for Protein: P42859

Htt, Huntingtin, mousemouse

Predictions only

Length 3,119 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HttP42859 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HttP42859 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HttP42859 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HttP42859 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HttP42859 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HttP42859 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
HttP42859 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HttP42859 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HttP42859 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HttP42859 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HttP42859 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HttP42859 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HttP42859 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HttP42859 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HttP42859 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HttP42859 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HttP42859 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HttP42859 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HttP42859 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HttP42859 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HttP42859 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HttP42859 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HttP42859 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HttP42859 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HttP42859 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HttP42859 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HttP42859 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HttP42859 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HttP42859 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HttP42859 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HttP42859 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
HttP42859 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HttP42859 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HttP42859 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HttP42859 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HttP42859 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HttP42859 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HttP42859 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HttP42859 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HttP42859 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HttP42859 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HttP42859 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HttP42859 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HttP42859 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HttP42859 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HttP42859 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
HttP42859 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HttP42859 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HttP42859 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
HttP42859 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HttP42859 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HttP42859 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HttP42859 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HttP42859 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HttP42859 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HttP42859 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HttP42859 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HttP42859 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HttP42859 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HttP42859 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HttP42859 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
HttP42859 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HttP42859 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HttP42859 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HttP42859 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HttP42859 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HttP42859 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
HttP42859 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HttP42859 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HttP42859 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HttP42859 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HttP42859 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HttP42859 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HttP42859 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HttP42859 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HttP42859 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HttP42859 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HttP42859 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HttP42859 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
HttP42859 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HttP42859 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HttP42859 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
HttP42859 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HttP42859 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HttP42859 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HttP42859 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HttP42859 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HttP42859 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HttP42859 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
HttP42859 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HttP42859 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
HttP42859 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HttP42859 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HttP42859 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HttP42859 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HttP42859 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HttP42859 Zfp36l1-204ENSMUST00000219642 545 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HttP42859 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HttP42859 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HttP42859 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 1373.8 ms