Protein–RNA interactions for Protein: Q62158

Trim27, Zinc finger protein RFP, mousemouse

Predictions only

Length 513 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim27Q62158 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
Trim27Q62158 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim27Q62158 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Trim27Q62158 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.12
Trim27Q62158 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Trim27Q62158 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.8 ms