Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CtcfQ61164 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CtcfQ61164 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CtcfQ61164 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.2 ms