Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.59■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.59■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.57■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.57■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC38.57■■■■□ 3.77
Ccdc88bQ4QRL3 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.57■■■■□ 3.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC38.56■■■■□ 3.76
Ccdc88bQ4QRL3 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.56■■■■□ 3.76
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.55■■■■□ 3.76
Ccdc88bQ4QRL3 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC38.55■■■■□ 3.76
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.55■■■■□ 3.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC38.54■■■■□ 3.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC38.51■■■■□ 3.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC38.51■■■■□ 3.76
Ccdc88bQ4QRL3 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC38.5■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.5■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC38.49■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC38.49■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.49■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC38.48■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC38.48■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.48■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.47■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC38.47■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC38.47■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.46■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC38.45■■■■□ 3.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.44■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC38.43■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.43■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC38.42■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC38.42■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC38.41■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.41■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC38.41■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC38.41■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.4■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC38.4■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC38.4■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.39■■■■□ 3.74
Ccdc88bQ4QRL3 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.38■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC38.37■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC38.37■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC38.36■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC38.36■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.36■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.36■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC38.36■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC38.36■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC38.35■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC38.35■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC38.35■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.34■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.34■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC38.33■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC38.33■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.32■■■■□ 3.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.32■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC38.31■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.31■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC38.31■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.31■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC38.3■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC38.29■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC38.29■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.28■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.28■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.27■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.26■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC38.26■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.26■■■■□ 3.72
Ccdc88bQ4QRL3 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC38.25■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC38.24■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.24■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.23■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.23■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.23■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC38.22■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC38.21■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC38.2■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.2■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC38.2■■■■□ 3.71
Ccdc88bQ4QRL3 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.19■■■■□ 3.7
Ccdc88bQ4QRL3 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.19■■■■□ 3.7
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15 ms