Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Rnf40Q3U319 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Mlx-201ENSMUST00000017945 1965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Slc15a4-201ENSMUST00000031367 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Rnf40Q3U319 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Ajap1-201ENSMUST00000105646 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Ptpre-202ENSMUST00000209256 2593 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Rnf40Q3U319 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.4 ms