RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000631023.2

CLN3-240, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,586 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-240	ENST00000631023	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-240	ENST00000631023	APBA3	O96018	575 aa		27.96	■■■□□ 2.07
CLN3-240	ENST00000631023	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		27.96	■■■□□ 2.07
CLN3-240	ENST00000631023	IL13	P35225	146 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	27.94	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	SPG7	Q9UQ90	795 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	27.91	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	CFAP53	Q96M91	514 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	PPP2R1A	P30153	589 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	NHS	Q6T4R5	1651 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CLN3-240	ENST00000631023	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	KCNQ2	O43526	872 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	KDR	P35968	1356 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	PLSCR1	O15162	318 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	CYP27B1	O15528	508 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	RALBP1	Q15311	655 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	BTAF1	O14981	1849 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-240	ENST00000631023	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	NUDC	Q9Y266	331 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	HMOX1	P09601	288 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	27.79	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	27.77	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	RREB1	Q92766	1687 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	ITGB4	P16144	1822 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	PHKG2	P15735	406 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CLN3-240	ENST00000631023	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
CLN3-240	ENST00000631023	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	27.74	■■■□□ 2.03
CLN3-240	ENST00000631023	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CLN3-240	ENST00000631023	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CLN3-240	ENST00000631023	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CLN3-240	ENST00000631023	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	TXNRD1	Q16881	649 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	NBPF14	Q5TI25	921 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	DCAF5	Q96JK2	942 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	PROM2	Q8N271	834 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	LY75	O60449	1722 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CLN3-240	ENST00000631023	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		27.64	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	FCHSD2	O94868	740 aa		27.64	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	PRKAR2B	P31323	418 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	PIGB	Q92521	554 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		27.6	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	27.59	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	27.59	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	CABP4	P57796	275 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	27.59	■■■□□ 2.01
CLN3-240	ENST00000631023	NEFM	P07197	916 aa		27.57	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	27.57	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	27.56	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	PALLD	Q8WX93	1383 aa		27.56	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		27.56	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		27.56	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	STK32B	Q9NY57	414 aa		27.55	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		27.53	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		27.52	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		27.52	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	MAP3K5	Q99683	1374 aa		27.52	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	LGR6	Q9HBX8	967 aa		27.52	■■■□□ 2
CLN3-240	ENST00000631023	ANP32C	O43423	234 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CLN3-240	ENST00000631023	SLC15A2	Q16348	729 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CLN3-240	ENST00000631023	ATG3	Q9NT62	314 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CLN3-240	ENST00000631023	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CLN3-240	ENST00000631023	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CLN3-240	ENST00000631023	KCNQ4	P56696	695 aa		27.5	■■□□□ 1.99
CLN3-240	ENST00000631023	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		27.5	■■□□□ 1.99

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