RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000412568.6

PTPRF-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5

Gene PTPRF, Length 4,154 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-204	ENST00000412568	TBX22	Q9Y458	520 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	IL27	Q8NEV9	243 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568		H3BQV1	296 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	IFFO2	Q5TF58	517 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	VAMP4	O75379	141 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	PIK3C2G	O75747	1445 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	MYD88	Q99836	296 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	GC	P02774	474 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	CDK11B	P21127	795 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	UPF3B	Q9BZI7	483 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	MET	P08581	1390 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	SF3A1	Q15459	793 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	CCDC27	Q2M243	656 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	NEO1	Q92859	1461 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-204	ENST00000412568	TRAK2	O60296	914 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	IL13	P35225	146 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	RNF20	Q5VTR2	975 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	SYAP1	Q96A49	352 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	FBXW7	Q969H0	707 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	IL16	Q14005	1332 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	HOXC9	P31274	260 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	GPT	P24298	496 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	G2E3	Q7L622	706 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	PREX2	Q70Z35	1606 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	TSPOAP1	O95153	1857 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	CPLX1	O14810	134 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	MX1	P20591	662 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	STK3	Q13188	491 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	C8orf34	Q49A92	452 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	RAD21	O60216	631 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	MTMR7	Q9Y216	660 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568		A0A087WZG4	1122 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	NUCB2	P80303	420 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	FLT4	P35916	1363 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	KDM5C	P41229	1560 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	TRDN	Q13061	729 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	RABEP1	Q15276	862 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	LGR6	Q9HBX8	967 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	LRRFIP1	Q32MZ4	808 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	SEC24B	O95487	1268 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	NFXL1	Q6ZNB6	911 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	CREBRF	Q8IUR6	639 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	KIF1BP	Q96EK5	621 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	ERVK-7	P63135	1459 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	HTATSF1	O43719	755 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	COPS6	Q7L5N1	327 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	CHMP4C	Q96CF2	233 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-204	ENST00000412568	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		13.46	□□□□□ -0.25

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 26 ms