RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 SNX15Q9NRS6 342 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 KERAO60938 352 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 C9P02748 559 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 IFNW1P05000 195 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CYP4B1P13584 511 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CDH3P22223 829 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MAP2K5Q13163 448 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC9B1Q4ZJI4 515 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FIP1L1Q6UN15 594 aaKnown RBP9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SVOPLQ8N434 492 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ERMAPQ96PL5 475 aaPredicted RBP9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 RHOJQ9H4E5 214 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ALKBH4Q9NXW9 302 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 AP4B1Q9Y6B7 739 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 RPP40O75818 363 aaKnown RBP9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MATKP42679 507 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 TAS2R50P59544 299 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 IFNL1Q8IU54 200 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SNIP1Q8TAD8 396 aaKnown RBP9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ACSS3Q9H6R3 686 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 DNAJC11Q9NVH1 559 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 AGR2O95994 175 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SMAD3P84022 425 aaKnown RBP9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 NBPF12Q5TAG4 269 aaPredicted RBP9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 TMEM164Q5U3C3 297 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MED27Q6P2C8 311 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 AAGABQ6PD74 315 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 B3GALT6Q96L58 329 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 P2RX7Q99572 595 aaKnown RBP9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 BCORL1Q5H9F3 1711 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SYN3O14994 580 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 GRSF1Q12849 480 aaKnown RBP eCLIP9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 GET4Q7L5D6 327 aaPredicted RBP9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 C1GALT1C1Q96EU7 318 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CCDC115Q96NT0 180 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 EFR3BQ9Y2G0 817 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 USP20Q9Y2K6 914 aa9.27□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CXCL14O95715 111 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 KLRK1P26718 216 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SSR2P43308 183 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CASP5P51878 434 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ITPK1Q13572 414 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLCO6A1Q86UG4 719 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CPNE9Q8IYJ1 553 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MAB21L3Q8N8X9 362 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 OR14C36Q8NHC7 312 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MBOAT7Q96N66 472 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ABCA9Q8IUA7 1624 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC30A4O14863 429 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 REM1O75628 298 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC20A2Q08357 652 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 TMPRSS11BQ86T26 416 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SAPCD2Q86UD0 394 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FAM35AQ86V20 835 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 BTN2A3PQ96KV6 586 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 RAB11FIP5Q9BXF6 653 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 IFT80Q9P2H3 777 aaPredicted RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 POLR3HQ9Y535 204 aaPredicted RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 METTL18O95568 372 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ARCN1P48444 511 aaKnown RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CXCL9Q07325 125 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ABCA11PQ4W5N1 156 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 UBE2R2Q712K3 238 aaPredicted RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CYP2W1Q8TAV3 490 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 TESCQ96BS2 214 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC38A3Q99624 504 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SHROOM3Q8TF72 1996 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FSBPO95073 299 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 LRATO95237 230 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 POP4O95707 220 aaKnown RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ARF4P18085 180 aaPredicted RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC13A2Q13183 592 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 GPR158Q5T848 1215 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PACS2Q86VP3 889 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ZNF433Q8N7K0 673 aaPredicted RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ZNF527Q8NB42 609 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CCDC28BQ9BUN5 200 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SMURF1Q9HCE7 757 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 RDH8Q9NYR8 311 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ZNF639Q9UID6 485 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CORO1CQ9ULV4 474 aaPredicted RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC15A5A6NIM6 579 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ANXA2P2A6NMY6 339 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ANXA2P07355 339 aaKnown RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 KHKP50053 298 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 NT5DC1Q5TFE4 455 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SMIM5Q71RC9 77 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ZNF567Q8N184 647 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 NUDT4Q9NZJ9 180 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ARHGAP20Q9P2F6 1191 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 DERAQ9Y315 318 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 DDTLA6NHG4 134 aaPredicted RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MAFO75444 373 aaPredicted RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CCKBRP32239 447 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 IFI35P80217 286 aaPredicted RBP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SNAP47Q5SQN1 464 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 TDRPQ86YL5 185 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CHST4Q8NCG5 386 aa9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 AKAP1Q92667 903 aaKnown RBP eCLIP9.26□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 BORCS5Q969J3 196 aa9.26□□□□□ -0.93
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 42.6 ms