RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520		K7ESM1	405 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	MCF2L	O15068	1137 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	WISP1	O95388	367 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	APOC2	P02655	101 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	CTSL	P07711	333 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	NID1	P14543	1247 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	HNRNPA2B1	P22626	353 aa	Known RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	RBMS1	P29558	406 aa	Known RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	AKT2	P31751	481 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	CXCR5	P32302	372 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	PTPN7	P35236	360 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	MARCKSL1	P49006	195 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	DUSP3	P51452	185 aa	Predicted RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ETF1	P62495	437 aa	Known RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	IL10RB	Q08334	325 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	RFTN1	Q14699	578 aa	Predicted RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	CDKN3	Q16667	212 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ISX	Q2M1V0	245 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ZNF284	Q2VY69	593 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	DNTTIP2	Q5QJE6	756 aa	Known RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	PIP5KL1	Q5T9C9	394 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	MARC1	Q5VT66	337 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	NCBP2-AS2	Q69YL0	99 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	SLC9A4	Q6AI14	798 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	GUSBP11	Q6P575	273 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	DARS2	Q6PI48	645 aa	Known RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	SYT10	Q6XYQ8	523 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	GCNT7	Q6ZNI0	430 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZSR6	202 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	BBS12	Q6ZW61	710 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	PTAR1	Q7Z6K3	402 aa	Predicted RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ZSCAN30	Q86W11	494 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	C17orf53	Q8N3J3	647 aa	Predicted RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	SH2D3C	Q8N5H7	860 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	PQLC3	Q8N755	202 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	DCAF4L2	Q8NA75	395 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	TMEM145	Q8NBT3	493 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	TFB1M	Q8WVM0	346 aa	Known RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ALG3	Q92685	438 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ARRDC3	Q96B67	414 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	FAF2	Q96CS3	445 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ALG14	Q96F25	216 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	MED8	Q96G25	268 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ZNF599	Q96NL3	588 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	TLR10	Q9BXR5	811 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	FRMD8P1	Q9BZ68	369 aa	Predicted RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	LRRC19	Q9H756	370 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	PREB	Q9HCU5	417 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ETNK2	Q9NVF9	386 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	NLGN3	Q9NZ94	848 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	SEPT10	Q9P0V9	454 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	RNF14	Q9UBS8	474 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	FEZ2	Q9UHY8	353 aa	Predicted RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	ZFR2	Q9UPR6	939 aa	Known RBP	8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	KCNMB2	Q9Y691	235 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520		U3KQA8	63 aa		8.78	□□□□□ -1
USP4-213	ENST00000488520	POM121B	A6NF01	834 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NEMP2	A6NFY4	417 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	HACD1	B0YJ81	288 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520		K7ENP7	123 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CES2	O00748	559 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SCAMP1	O15126	338 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	MATN3	O15232	486 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	MTSS1	O43312	755 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SNAP91	O60641	907 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	MT-CO1	P00395	513 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	FGG	P02679	453 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	PROC	P04070	461 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ATP1A1	P05023	1023 aa	Known RBP	8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GP1BA	P07359	652 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CHRNA3	P32297	505 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	TNNT3	P45378	269 aa	Predicted RBP	8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	EIF3E	P60228	445 aa	Known RBP	8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	RHOA	P61586	193 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SNRPD1	P62314	119 aa	Known RBP	8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GPLD1	P80108	840 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CCDC15	Q0P6D6	951 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NFATC3	Q12968	1075 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	XRCC4	Q13426	336 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ZNF235	Q14590	738 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	DEFB133	Q30KQ1	61 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	INO80D	Q53TQ3	878 aa	Predicted RBP	8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	PRRT3	Q5FWE3	981 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SEL1L3	Q68CR1	1132 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	INO80C	Q6PI98	192 aa	Predicted RBP	8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NPNT	Q6UXI9	565 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	LINGO4	Q6UY18	593 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	LEKR1	Q6ZMV7	388 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CCDC81	Q6ZN84	652 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GSTA5	Q7RTV2	222 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	EFL1	Q7Z2Z2	1120 aa	Known RBP	8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ZC3H18	Q86VM9	953 aa	Known RBP	8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	HORMAD1	Q86X24	394 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SLC13A5	Q86YT5	568 aa	Predicted RBP	8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CCDC13	Q8IYE1	715 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CHST14	Q8NCH0	376 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GRIN3A	Q8TCU5	1115 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NUDT8	Q8WV74	236 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	LRRC45	Q96CN5	670 aa		8.77	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	BMF	Q96LC9	184 aa		8.77	□□□□□ -1.01

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