RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586792.5

ZNF540-204, Transcript of zinc finger protein 540, human

TSL 3 BASIC

Gene ZNF540, Length 564 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF460	Q14592	562 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	INAVA	Q3KP66	663 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF658	Q5TYW1	1059 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CENPP	Q6IPU0	288 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	DARS2	Q6PI48	645 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	FOXR2	Q6PJQ5	311 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CD300LG	Q6UXG3	332 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	OR2C3	Q8N628	320 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	C1orf162	Q8NEQ5	155 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	OR5B17	Q8NGF7	314 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	OR6B3	Q8NGW1	331 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	OR10T2	Q8NGX3	314 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	MGARP	Q8TDB4	240 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	SNX33	Q8WV41	574 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	RSAD2	Q8WXG1	361 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TAF4B	Q92750	862 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	FGF13	Q92913	245 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	RPL36AL	Q969Q0	106 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	PSMG2	Q969U7	264 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	RGMA	Q96B86	450 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	MCRS1	Q96EZ8	462 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	MYADM	Q96S97	322 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TREX2	Q9BQ50	279 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	SYT15	Q9BQS2	421 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	ACBD6	Q9BR61	282 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CHCHD6	Q9BRQ6	235 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	HCFC1R1	Q9NWW0	138 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	GDAP2	Q9NXN4	497 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	GDE1	Q9NZC3	331 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	DNMT3B	Q9UBC3	853 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	UXT	Q9UBK9	157 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	KCNE5	Q9UJ90	142 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CDH9	Q9ULB4	789 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	L1RE1	Q9UN81	338 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	MAGED2	Q9UNF1	606 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TRAF3IP3	Q9Y228	551 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	RRP15	Q9Y3B9	282 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	NUMBL	Q9Y6R0	609 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	VCAN	P13611	3396 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	FAM227A	F5H4B4	570 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792		H0Y3Z8	333 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	EIF3F	O00303	357 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	MAPK13	O15264	365 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TP73	O15350	636 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	IRAK2	O43187	625 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TBC1D4	O60343	1298 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TMEM127	O75204	238 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	SEC24A	O95486	1093 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	FGFR1OP	O95684	399 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	DHRS4L1	P0CG22	281 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CSH1	P0DML2	217 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CSH2	P0DML3	217 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CEBPB	P17676	345 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	WARS	P23381	471 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	GABRR2	P28476	465 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	AVPR1A	P37288	418 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CASP4	P49662	377 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	MXI1	P50539	228 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	PDE6C	P51160	858 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	VAMP7	P51809	220 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CETN1	Q12798	172 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	HTR4	Q13639	388 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	LLGL1	Q15334	1064 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TEAD2	Q15562	447 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	NFIL3	Q16649	462 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	SOWAHA	Q2M3V2	549 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	SGSM1	Q2NKQ1	1148 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	ANO4	Q32M45	955 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	EDRF1	Q3B7T1	1238 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CCDC40	Q4G0X9	1142 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	RUSC1-AS1	Q66K80	236 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	PGBD2	Q6P3X8	592 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	PARM1	Q6UWI2	310 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	VSTM1	Q6UX27	236 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	SCARA5	Q6ZMJ2	495 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	RFX8	Q6ZV50	586 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	NEK10	Q6ZWH5	1172 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	MED25	Q71SY5	747 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	ENOSF1	Q7L5Y1	443 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	VSIG1	Q86XK7	387 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	KIF18B	Q86Y91	864 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	SCN4B	Q8IWT1	228 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TTC39C	Q8N584	583 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	ATAD1	Q8NBU5	361 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	FAM156A	Q8NDB6	213 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	ITFG1	Q8TB96	612 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CSGALNACT1	Q8TDX6	532 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	MRPS31	Q92665	395 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	CENPI	Q92674	756 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	FGF14	Q92915	247 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	SMARCD2	Q92925	531 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	RADIL	Q96JH8	1075 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	KXD1	Q9BQD3	176 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	MED10	Q9BTT4	135 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	TTLL2	Q9BWV7	592 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ZNF540-204	ENST00000586792	ELOVL4	Q9GZR5	314 aa		4.85	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.5 ms