RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	RWDD4	Q6NW29	188 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	DNAJC24	Q6P3W2	148 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	LRRC31	Q6UY01	552 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	CHST9	Q7L1S5	443 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	BHLHA9	Q7RTU4	235 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF571	Q7Z3V5	609 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	ZDHHC17	Q8IUH5	632 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	CHPF	Q8IZ52	775 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	SCML4	Q8N228	414 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	SPEM1	Q8N4L4	309 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	DEFB119	Q8N690	84 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	OR14K1	Q8NGZ2	314 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	CCDC26	Q8TAB7	109 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	JOSD2	Q8TAC2	188 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	GANC	Q8TET4	914 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	HMGB4	Q8WW32	186 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	SORCS1	Q8WY21	1168 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	GFM2	Q969S9	779 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	CLDN23	Q96B33	292 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	NEIL1	Q96FI4	390 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	MSANTD3	Q96H12	275 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	AHCYL2	Q96HN2	611 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	PIWIL1	Q96J94	861 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	HIST1H2AH	Q96KK5	128 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	RPRD1A	Q96P16	312 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	LRRC37B	Q96QE4	947 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	LMF1	Q96S06	567 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	HIST1H2AJ	Q99878	128 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	DDX23	Q9BUQ8	820 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	BDH2	Q9BUT1	245 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	EDEM3	Q9BZQ6	932 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	TKTL2	Q9H0I9	626 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	C12orf65	Q9H3J6	166 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	SEC61A2	Q9H9S3	476 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	ABCB8	Q9NUT2	735 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	AIPL1	Q9NZN9	384 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	NOCT	Q9UK39	431 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	RAB23	Q9ULC3	237 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	VANGL2	Q9ULK5	521 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	CAPN11	Q9UMQ6	739 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	DAAM1	Q9Y4D1	1078 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF559-ZNF177	A0A0A6YYI6	481 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	SHISA7	A6NL88	538 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	SIGLEC16	A6NMB1	481 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	PRRT4	C9JH25	899 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	AKR1B15	C9JRZ8	316 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	ARHGAP6	O43182	974 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	DAPK3	O43293	454 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	SYNCRIP	O60506	623 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	FOXD2	O60548	495 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	DAB1	O75553	588 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	RNF8	O76064	485 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	ALDH1A2	O94788	518 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	ADCY5	O95622	1261 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	SERPING1	P05155	500 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	PLEK	P08567	350 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	UNG	P13051	313 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	TNNT1	P13805	278 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	HNRNPL	P14866	589 aa	Known RBP eCLIP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	MMP8	P22894	467 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	PSMA2	P25787	234 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	CD70	P32970	193 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	CDH5	P33151	784 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	RFC1	P35251	1148 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	NNMT	P40261	264 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	MAGEA9	P43362	315 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	GABRB2	P47870	512 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	RPL34	P49207	117 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	DNA2	P51530	1060 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	SGSH	P51688	502 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	ATXN1	P54253	815 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	MANF	P55145	182 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	ST8SIA6	P61647	398 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	MRPS21	P82921	87 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	NHLH1	Q02575	133 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	PLP2	Q04941	152 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP1-1	Q07627	177 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	DMWD	Q09019	674 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	TCF15	Q12870	199 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	SRSF5	Q13243	272 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF177	Q13360	481 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	CDH18	Q13634	790 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	SIM2	Q14190	667 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	DMC1	Q14565	340 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	MEA1	Q16626	185 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	UGT8	Q16880	541 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	GEN1	Q17RS7	908 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC25A52	Q3SY17	297 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	FBXO43	Q4G163	708 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	RAB6C	Q53S08	254 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	EOGT	Q5NDL2	527 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	RABGAP1L	Q5R372	815 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	NADSYN1	Q6IA69	706 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	ANO7	Q6IWH7	933 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	MSANTD2	Q6P1R3	559 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	WDR59	Q6PJI9	974 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	OLFML1	Q6UWY5	402 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	KIAA1324	Q6UXG2	1013 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC26A9	Q7LBE3	791 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATXN3-238	ENST00000556288	CIR1	Q86X95	450 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65

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