RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, human

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP40-215	ENST00000484528	TEX101	Q9BY14	249 aa		21.54	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	DPH1	Q9BZG8	443 aa		21.54	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	CTTNBP2NL	Q9P2B4	639 aa		21.54	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	RCOR3	Q9P2K3	495 aa	Predicted RBP	21.54	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	TTLL3	Q9Y4R7	772 aa		21.54	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	ZNF462	Q96JM2	2506 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	CEACAM5	P06731	702 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	ITGA2B	P08514	1039 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	GLB1	P16278	677 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	NFKBIA	P25963	317 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	UGT1A5	P35504	534 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	GARS	P41250	739 aa	Known RBP	21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	GNPDA1	P46926	289 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	POLD2	P49005	469 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	ARSE	P51690	589 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	MAZ	P56270	477 aa	Known RBP	21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	TAS2R40	P59535	323 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	CDK3	Q00526	305 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	DSC2	Q02487	901 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	HLTF	Q14527	1009 aa	Known RBP eCLIP	21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	TSR1	Q2NL82	804 aa	Known RBP	21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	RALGPS1	Q5JS13	557 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	SPRED1	Q7Z699	444 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	CLEC14A	Q86T13	490 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	FAM71B	Q8TC56	605 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	PIH1D2	Q8WWB5	315 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	MCCC1	Q96RQ3	725 aa	Predicted RBP	21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	PACSIN1	Q9BY11	444 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	FRMD8	Q9BZ67	464 aa	Predicted RBP	21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	STRADB	Q9C0K7	418 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	SPATS2L	Q9NUQ6	558 aa	Known RBP	21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	LRIT1	Q9P2V4	623 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	SUFU	Q9UMX1	484 aa		21.53	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	PIEZO2	Q9H5I5	2752 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	CCNB1	P14635	433 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	AK4	P27144	223 aa	Predicted RBP	21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	GALNT2	Q10471	571 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	IHH	Q14623	411 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	LRRC66	Q68CR7	880 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	NRROS	Q86YC3	692 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	CBARP	Q8N350	705 aa	Predicted RBP	21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	TEX26	Q8N6G2	289 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	IQCD	Q96DY2	449 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	POLR1E	Q9GZS1	481 aa	Known RBP	21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	PISD	Q9UG56	409 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	APPL1	Q9UKG1	709 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	NENF	Q9UMX5	172 aa		21.52	■■□□□ 1.04
USP40-215	ENST00000484528	COL6A6	A6NMZ7	2263 aa		21.52	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	PSMD11	O00231	422 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	PROSC	O94903	275 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	CCKBR	P32239	447 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	MLLT3	P42568	568 aa	Predicted RBP	21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	ILF3	Q12906	894 aa	Known RBP eCLIP	21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	CLN3	Q13286	438 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	PAFAH1B3	Q15102	231 aa	Known RBP	21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	TAF1B	Q53T94	588 aa	Predicted RBP	21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	ANKRD20A8P	Q5CZ79	823 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	SLC30A9	Q6PML9	568 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	TMPRSS9	Q7Z410	1059 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	TRIM74	Q86UV6	250 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	KCTD6	Q8NC69	237 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	KIAA1524	Q8TCG1	905 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	GPBAR1	Q8TDU6	330 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	PATE1	Q8WXA2	126 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	CCDC97	Q96F63	343 aa	Predicted RBP	21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	TMEM74	Q96NL1	305 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	GSDMC	Q9BYG8	508 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	XPO4	Q9C0E2	1151 aa	Known RBP	21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	TAAR2	Q9P1P5	351 aa		21.51	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	TK2	O00142	265 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	FZD6	O60353	706 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	ITIH1	P19827	911 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	SLC5A2	P31639	672 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	GPR1	P46091	355 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	EPHB1	P54762	984 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	VAC14	Q08AM6	782 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	C19orf57	Q0VDD7	668 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	EIF3I	Q13347	325 aa	Known RBP	21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	TECPR1	Q7Z6L1	1165 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	LRRC49	Q8IUZ0	686 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	ZDHHC1	Q8WTX9	485 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	MAML1	Q92585	1016 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	SCAMP4	Q969E2	229 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	AP2M1	Q96CW1	435 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	ABCG8	Q9H221	673 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	RBM22	Q9NW64	420 aa	Known RBP eCLIP	21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	KCTD5	Q9NXV2	234 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	EIF2AK3	Q9NZJ5	1116 aa	Known RBP	21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	CHKB	Q9Y259	395 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	PLEKHM1	Q9Y4G2	1056 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	LOXL2	Q9Y4K0	774 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	ST14	Q9Y5Y6	855 aa		21.5	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	TMX2-CTNND1	H3BSU7	103 aa		21.49	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	MATN3	O15232	486 aa		21.49	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	NUDT21	O43809	227 aa	Known RBP	21.49	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	SOD1	P00441	154 aa		21.49	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	FGF1	P05230	155 aa		21.49	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	JMJD7	P0C870	316 aa		21.49	■■□□□ 1.03
USP40-215	ENST00000484528	CTBS	Q01459	385 aa		21.49	■■□□□ 1.03

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.8 ms