RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589857.1

ZNF540-208, Transcript of zinc finger protein 540, human

TSL 4

Gene ZNF540, Length 575 nt, Biotype processed transcript.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ZNF540-208	ENST00000589857	CRBN	Q96SW2	442 aa		13.75	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		13.75	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	PXDN	Q92626	1479 aa		13.74	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857		A0A0G2JS52	829 aa		13.74	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	WWC1	Q8IX03	1113 aa		13.74	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	NUTM2F	A1L443	756 aa		13.73	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	PDE3A	Q14432	1141 aa		13.73	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	ARHGEF10	O15013	1369 aa		13.72	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		13.72	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		13.72	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		13.72	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	CDK19	Q9BWU1	502 aa		13.72	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	SLIT2	O94813	1529 aa		13.72	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	NEFM	P07197	916 aa		13.71	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	13.71	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		13.71	□□□□□ -0.21
ZNF540-208	ENST00000589857	TECPR2	O15040	1411 aa		13.71	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		13.7	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	PLIN1	O60240	522 aa		13.7	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	13.7	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		13.7	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	SBNO1	A3KN83	1393 aa		13.69	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	IL16	Q14005	1332 aa		13.68	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		13.68	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	KIF1A	Q12756	1690 aa		13.67	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	ADGRB2	O60241	1585 aa		13.66	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	FYB1	O15117	783 aa		13.66	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		13.66	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		13.66	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		13.65	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	EP400	Q96L91	3159 aa		13.65	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	13.65	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		13.65	□□□□□ -0.22
ZNF540-208	ENST00000589857	GLI3	P10071	1580 aa		13.64	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		13.64	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		13.64	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	CABP1	Q9NZU7	370 aa		13.64	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		13.64	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	FAM83G	A6ND36	823 aa		13.63	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	PLEKHG5	O94827	1062 aa		13.63	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	FCHSD2	O94868	740 aa		13.63	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	PDE4A	P27815	886 aa		13.63	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		13.63	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	BTG4	Q9NY30	223 aa		13.63	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		13.62	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	LRP5	O75197	1615 aa		13.62	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		13.62	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		13.62	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	BACH2	Q9BYV9	841 aa		13.62	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	NEUROD2	Q15784	382 aa		13.61	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	ZNF428	Q96B54	188 aa		13.61	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		13.61	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		13.61	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		13.6	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		13.6	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		13.6	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		13.6	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	BCAR3	O75815	825 aa		13.59	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	NBPF14	Q5TI25	921 aa		13.59	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		13.59	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	COG3	Q96JB2	828 aa		13.59	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		13.59	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		13.59	□□□□□ -0.23
ZNF540-208	ENST00000589857	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		13.58	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	FAM161A	Q3B820	660 aa		13.57	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		13.57	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		13.57	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		13.57	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		13.57	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
ZNF540-208	ENST00000589857	KIF16B	Q96L93	1317 aa		13.56	□□□□□ -0.24

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