RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000515011.5

PDE4D-223, Transcript of phosphodiesterase 4D, human

TSL 1 (best)

Gene PDE4D, Length 2,175 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PDE4D-223	ENST00000515011	USP54	Q70EL1	1684 aa		29.43	■■■□□ 2.3
PDE4D-223	ENST00000515011	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		29.43	■■■□□ 2.3
PDE4D-223	ENST00000515011	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		29.42	■■■□□ 2.3
PDE4D-223	ENST00000515011	RLBP1	P12271	317 aa		29.4	■■■□□ 2.3
PDE4D-223	ENST00000515011	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		29.4	■■■□□ 2.3
PDE4D-223	ENST00000515011	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	29.4	■■■□□ 2.3
PDE4D-223	ENST00000515011	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		29.4	■■■□□ 2.3
PDE4D-223	ENST00000515011	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		29.39	■■■□□ 2.3
PDE4D-223	ENST00000515011	TNN	Q9UQP3	1299 aa		29.39	■■■□□ 2.3
PDE4D-223	ENST00000515011	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	29.38	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	SBNO1	A3KN83	1393 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	IFT57	Q9NWB7	429 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		29.36	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	FLT4	P35916	1363 aa		29.36	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	SKAP1	Q86WV1	359 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	PDE4A	P27815	886 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	GNAI1	P63096	354 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	ARHGEF10	O15013	1369 aa		29.34	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF853	P0CG23	659 aa		29.34	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	29.34	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	MSH5	O43196	834 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	ALDH1L2	Q3SY69	923 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF428	Q96B54	188 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	29.33	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	BACH2	Q9BYV9	841 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PDE4D-223	ENST00000515011	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	29.32	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	NWD1	Q149M9	1564 aa		29.32	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	SOX12	O15370	315 aa		29.32	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	IGHD	P01880	384 aa		29.31	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	29.31	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	KIF16B	Q96L93	1317 aa		29.31	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	29.3	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		29.3	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		29.29	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	NLRP6	P59044	892 aa		29.29	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	TRIM27	P14373	513 aa		29.29	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		29.29	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	CFAP44	Q96MT7	982 aa		29.28	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	29.28	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	MBIP	Q9NS73	344 aa		29.27	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	29.26	■■■□□ 2.28
PDE4D-223	ENST00000515011	KDR	P35968	1356 aa		29.25	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	FAM83G	A6ND36	823 aa		29.24	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	29.24	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	AMPH	P49418	695 aa		29.24	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		29.24	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	VAMP4	O75379	141 aa		29.23	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	29.23	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	29.22	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	ABTB2	Q8N961	1025 aa		29.22	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		29.22	■■■□□ 2.27
PDE4D-223	ENST00000515011	DCTN1	Q14203	1278 aa		29.2	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		29.2	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	29.19	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		29.19	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	TSPYL6	Q8N831	410 aa		29.19	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	HOXC9	P31274	260 aa		29.18	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	RTL1	A6NKG5	1358 aa		29.17	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	29.17	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	EYA1	Q99502	592 aa		29.17	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	29.16	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		29.16	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	RGS3	P49796	1198 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	29.15	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	NFAT5	O94916	1531 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		29.15	■■■□□ 2.26
PDE4D-223	ENST00000515011	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	ANP32E	Q9BTT0	268 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	LTN1	O94822	1766 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	FAM161A	Q3B820	660 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	C14orf37	Q86TY3	774 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	CRB1	P82279	1406 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	CHL1	O00533	1208 aa		29.12	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	MCM10	Q7L590	875 aa		29.11	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	29.11	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	PSME1	Q06323	249 aa		29.11	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	29.11	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	C8orf34	Q49A92	452 aa		29.09	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	29.09	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	29.09	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	KIAA0232	Q92628	1395 aa		29.09	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PDE4D-223	ENST00000515011	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	29.07	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	LRRC37A3	O60309	1634 aa		29.06	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	29.06	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	29.06	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	KIF1A	Q12756	1690 aa		29.06	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	FOXO3	O43524	673 aa		29.05	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	ORAI2	Q96SN7	254 aa		29.05	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	29.04	■■■□□ 2.24

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