RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558469.5

CUX1-216, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 4

Gene CUX1, Length 588 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-216ENST00000558469 NDST2P52849 883 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 YBEYP58557 167 aaPredicted RBP9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 OTUD4Q01804 1114 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 GNA12Q03113 381 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 LMAN2Q12907 356 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 GAB4Q2WGN9 574 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 AFMIDQ63HM1 303 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 CXorf57Q6NSI4 855 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 BZW1Q7L1Q6 419 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ZNF354CQ86Y25 554 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ARHGAP12Q8IWW6 846 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 LRRN4Q8WUT4 740 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 DNASE1L2Q92874 299 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ARHGEF2Q92974 986 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 FAM118BQ9BPY3 351 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 FEM1AQ9BSK4 669 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 AP1M1Q9BXS5 423 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 MUC3BQ9H195 1237 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 MAGEH1Q9H213 219 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 LRRC19Q9H756 370 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 TRPV5Q9NQA5 729 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 HEBP1Q9NRV9 189 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ABCB8Q9NUT2 735 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 KIAA1522Q9P206 1035 aaPredicted RBP9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 CDC23Q9UJX2 597 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 GGA2Q9UJY4 613 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 FBXO10Q9UK96 956 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 SORCS3Q9UPU3 1222 aa9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 R3HDM2Q9Y2K5 976 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ARHGAP42A6NI28 874 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 PDE2AO00408 941 aaPredicted RBP9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 KRIT1O00522 736 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 CISD3P0C7P0 127 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 HLA-FP30511 346 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ACVRL1P37023 503 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 OPRD1P41143 372 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 CSKP41240 450 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 PAPOLAP51003 745 aaKnown RBP9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 EMP3P54852 163 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 OXCT1P55809 520 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 PFKPQ01813 784 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 KDSRQ06136 332 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 SERINC3Q13530 473 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 SNX1Q13596 522 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 SLC12A1Q13621 1099 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 TUBB2AQ13885 445 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 SIX1Q15475 284 aaPredicted RBP9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 PARP15Q460N3 678 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 NAIF1Q69YI7 327 aaPredicted RBP9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 IL31Q6EBC2 164 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 GRAMD4Q6IC98 578 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ZNF783Q6ZMS7 281 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 B4GALNT4Q76KP1 1039 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ZC3H18Q86VM9 953 aaKnown RBP9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 RNF135Q8IUD6 432 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ETFBKMTQ8IXQ9 262 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 APCDD1Q8J025 514 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ZNF557Q8N988 423 aaPredicted RBP9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 TTC13Q8NBP0 860 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 CCNYQ8ND76 341 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 OR7D4Q8NG98 312 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ACTL9Q8TC94 416 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 C1orf54Q8WWF1 131 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ATG4AQ8WYN0 398 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 CHFRQ96EP1 664 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 HMCESQ96FZ2 354 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 SPON2Q9BUD6 331 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 TUBB2BQ9BVA1 445 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 ATP13A1Q9HD20 1204 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 SLC2A4RGQ9NR83 387 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 DEC1Q9P2X7 70 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 RNF14Q9UBS8 474 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 VPS28Q9UK41 221 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 HPCAL4Q9UM19 191 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 DUSP12Q9UNI6 340 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 RAD54BQ9Y620 910 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 PIAS3Q9Y6X2 628 aa9.84□□□□□ -0.83
CUX1-216ENST00000558469 SPECC1L-ADORA2AF8WAN1 911 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 H7C0C1 242 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 CBX4O00257 560 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 NCAM2O15394 837 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 PABPC1P11940 636 aaKnown RBP9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 GLDCP23378 1020 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 CTHP32929 405 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 ETFBP38117 255 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 GARSP41250 739 aaKnown RBP9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 ATP5OP48047 213 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 GALK1P51570 392 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 PLK1P53350 603 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 EIF3EP60228 445 aaKnown RBP9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 MESP2Q0VG99 397 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 GALNT2Q10471 571 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 AP1B1Q10567 949 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 PDK1Q15118 436 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 NOMO1Q15155 1222 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 WHAMMP3Q1A5X7 153 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 PLEKHG6Q3KR16 790 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 FUT11Q495W5 492 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 SLC44A4Q53GD3 710 aa9.83□□□□□ -0.84
CUX1-216ENST00000558469 PITRM1Q5JRX3 1037 aa9.83□□□□□ -0.84
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.4 ms