RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 POLR1EQ9GZS1 481 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TRDMT1O14717 391 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CYP1A1P04798 512 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RARGP13631 454 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RAG1P15918 1043 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 GLT6D1Q7Z4J2 308 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 DCLK3Q9C098 648 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PIF1Q9H611 641 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 GNPTGQ9UJJ9 305 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SH3GLB1Q9Y371 365 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 IRAK3Q9Y616 596 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 S100A3P33764 101 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TRAPPC5Q8IUR0 188 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FBXO16Q8IX29 292 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ATG4AQ8WYN0 398 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TRAPPC9Q96Q05 1148 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CYB5D1Q6P9G0 228 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 AFTPHQ6ULP2 937 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TMEM120AQ9BXJ8 343 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ZNF521Q96K83 1311 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FOXO4P98177 505 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CBWD6Q4V339 395 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MFSD7Q6UXD7 560 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SMYD1Q8NB12 490 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ARL15Q9NXU5 204 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 KIF20BQ96Q89 1820 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TNFAIP8O95379 198 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SPPL2AQ8TCT8 520 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SPATA5L1Q9BVQ7 753 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PLAGL2Q9UPG8 496 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SMNDC1O75940 238 aaKnown RBP eCLIP9.48□□□□□ -0.891e-5■■□□□ 11.9
CUX1-201ENST00000292535 GMFBP60983 142 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ZNF470Q6ECI4 717 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 EXOC3L1Q86VI1 746 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ZNF410Q86VK4 478 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CRNNQ9UBG3 495 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CNTNAP5Q8WYK1 1306 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PRR36Q9H6K5 1346 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 GLI2P10070 1586 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CDC42P60953 191 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TBC1D25Q3MII6 688 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ITFG1Q8TB96 612 aa9.48□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 LDLRP01130 860 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ANXA5P08758 320 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PRLRP16471 622 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RBBP4Q09028 425 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FAXCQ5TGI0 409 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ZNF57Q68EA5 555 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CLEC17AQ6ZS10 378 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 AADATQ8N5Z0 425 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 C1QTNF3-AMACRE9PGA6 284 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SNAP23O00161 211 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FOSL2P15408 326 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MMP13P45452 471 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RGS1Q08116 209 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PCBP1Q15365 356 aaKnown RBP eCLIP9.47□□□□□ -0.896e-6■■■■■ 34.5
CUX1-201ENST00000292535 SNRNP27Q8WVK2 155 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CBWD1Q9BRT8 395 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CELF4Q9BZC1 486 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CATSPERZQ9NTU4 200 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PDE2AO00408 941 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ATP9AO75110 1047 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SGPL1O95470 568 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ARMC12Q5T9G4 340 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 IFNLR1Q8IU57 520 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 BTN3A3O00478 584 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PLEKP08567 350 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ACSM2AQ08AH3 577 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CCNIQ14094 377 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 BTG3Q14201 252 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ACSM2BQ68CK6 577 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TAF8Q7Z7C8 310 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CCDC185Q8N715 623 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 OPTCQ9UBM4 332 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 NUAK2Q9H093 628 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CISHQ9NSE2 258 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TMEM39AQ9NV64 488 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 UBP1Q9NZI7 540 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ZKSCAN7Q9P0L1 754 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD65E5RJM6 399 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CAP2P40123 477 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 STARP49675 285 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 EIF2B2P49770 351 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 UGT2B15P54855 530 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 C21orf59P57076 290 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FAM171BQ6P995 826 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 IZUMO2Q6UXV1 221 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 LPCAT2Q7L5N7 544 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 HEATR4Q86WZ0 1026 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RXFP2Q8WXD0 754 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 LENG9Q96B70 501 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FAM136AQ96C01 138 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CPB2Q96IY4 423 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 IL22Q9GZX6 179 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RNPEPQ9H4A4 650 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MFHAS1Q9Y4C4 1052 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MANSC4A6NHS7 340 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 INPP4BO15327 924 aa9.47□□□□□ -0.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 46.1 ms