RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555904.1

ABCD4-223, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 3

Gene ABCD4, Length 582 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-223	ENST00000555904	NCAM2	O15394	837 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	TULP3	O75386	442 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	PRLR	P16471	622 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	MX2	P20592	715 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	CTH	P32929	405 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	NR2C2	P49116	596 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	YBEY	P58557	167 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	GNA12	Q03113	381 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	KDSR	Q06136	332 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	DMC1	Q14565	340 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	E2F5	Q15329	346 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	LLGL1	Q15334	1064 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	LONRF2	Q1L5Z9	754 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	RNF219	Q5W0B1	726 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	PAPD7	Q5XG87	772 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	RNF43	Q68DV7	783 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	NCBP2-AS2	Q69YL0	99 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC9A4	Q6AI14	798 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	IL31	Q6EBC2	164 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	BBS12	Q6ZW61	710 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ANKS1B	Q7Z6G8	1248 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	ETFBKMT	Q8IXQ9	262 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	AHI1	Q8N157	1196 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	UMODL1-AS1	Q8N2C9	162 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	TTC13	Q8NBP0	860 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	KIF18A	Q8NI77	898 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	WFIKKN2	Q8TEU8	576 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	SHD	Q96IW2	340 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	PNKP	Q96T60	521 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	UHRF1	Q96T88	793 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	P2RY13	Q9BPV8	354 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	C2orf49	Q9BVC5	232 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	MAGEH1	Q9H213	219 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	GGA2	Q9UJY4	613 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	RAD54B	Q9Y620	910 aa		12.84	□□□□□ -0.35
ABCD4-223	ENST00000555904	APOC4-APOC2	K7ER74	178 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PGRMC1	O00264	195 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	MAN2B1	O00754	1011 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PPP1R12A	O14974	1030 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	APOC2	P02655	101 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	FGG	P02679	453 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	APOD	P05090	189 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PABPC1	P11940	636 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	HLA-F	P30511	346 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	CSK	P41240	450 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	GRIA2	P42262	883 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	SOX9	P48436	509 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	GRSF1	Q12849	480 aa	Known RBP eCLIP	12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PAFAH1B3	Q15102	231 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	MLF2	Q15773	248 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC44A4	Q53GD3	710 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	DNTTIP2	Q5QJE6	756 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	CXorf57	Q6NSI4	855 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	AADACL2	Q6P093	401 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	TPRG1	Q6ZUI0	275 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	C12orf40	Q86WS4	652 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	ATPAF2	Q8N5M1	289 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	NPW	Q8N729	165 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PQLC3	Q8N755	202 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	CELF6	Q96J87	481 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	FERMT1	Q9BQL6	677 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	SPON2	Q9BUD6	331 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	ATP13A1	Q9HD20	1204 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	ARHGEF3	Q9NR81	526 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	WNT16	Q9UBV4	365 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	MUTYH	Q9UIF7	546 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC27A6	Q9Y2P4	619 aa		12.83	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	GOLGA6L10	A0A0M3HER8	536 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	TBC1D3B	A6NDS4	549 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	RASA4B	C9J798	803 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	MCF2L	O15068	1137 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	RASA4	O43374	803 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	MFSD11	O43934	449 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF500	O60304	480 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	ATP5B	P06576	529 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	POLR2E	P19388	210 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	CD70	P32970	193 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PAFAH1B1	P43034	410 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	GEMIN4	P57678	1058 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PRKCQ	Q04759	706 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	SULT2A1	Q06520	285 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	LMAN2	Q12907	356 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	EIF4H	Q15056	248 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PDK1	Q15118	436 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	GAB4	Q2WGN9	574 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	FSCB	Q5H9T9	825 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PITRM1	Q5JRX3	1037 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF852	Q6ZMS4	543 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC13A5	Q86YT5	568 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	LRRC49	Q8IUZ0	686 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	PLD5	Q8N7P1	536 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	DDX51	Q8N8A6	666 aa	Known RBP eCLIP	12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	TERB1	Q8NA31	727 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	DCAF4L2	Q8NA75	395 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	CCDC26	Q8TAB7	109 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	WFDC5	Q8TCV5	224 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	NSMCE1	Q8WV22	266 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	UCMA	Q8WVF2	138 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	FAM3C	Q92520	227 aa		12.82	□□□□□ -0.36
ABCD4-223	ENST00000555904	HAUS1	Q96CS2	278 aa		12.82	□□□□□ -0.36

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