RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464454.1

CLK1-208, Transcript of CDC like kinase 1, human

TSL 2

Gene CLK1, Length 484 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF91	Q05481	1191 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	DLGAP5	Q15398	846 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	GPR162	Q16538	588 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF484	Q5JVG2	852 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	DHRS13	Q6UX07	377 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	SYNE3	Q6ZMZ3	975 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	TMTC1	Q8IUR5	882 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ESX1	Q8N693	406 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	FAM47B	Q8NA70	645 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ZFPM2	Q8WW38	1151 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	SMG7	Q92540	1137 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ARRDC3	Q96B67	414 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	GPR78	Q96P69	363 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	REEP2	Q9BRK0	252 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ABHD14A	Q9BUJ0	271 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	HTATIP2	Q9BUP3	242 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	C1QTNF7	Q9BXJ2	289 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	RMI1	Q9H9A7	625 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	B3GNT3	Q9Y2A9	372 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CCDC196	A0A1B0GTZ2	297 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	C2CD4B	A6NLJ0	364 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	EPB41L2	O43491	1005 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CNTN5	O94779	1100 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	FGB	P02675	491 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CTSA	P10619	480 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ST6GAL1	P15907	406 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CPA2	P48052	419 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	SOX2	P48431	317 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF81	P51508	661 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	SLC37A1	P57057	533 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	MAPK7	Q13164	816 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	RALBP1	Q15311	655 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454		Q4G0T1	1027 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	LRRC24	Q50LG9	513 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	EARS2	Q5JPH6	523 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CBWD5	Q5RIA9	395 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	PAPD7	Q5XG87	772 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	FAM57B	Q71RH2	274 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	MRPL10	Q7Z7H8	261 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ZSCAN2	Q7Z7L9	614 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ANKRD13B	Q86YJ7	626 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CLEC4C	Q8WTT0	213 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	HVCN1	Q96D96	273 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	MPP4	Q96JB8	637 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	PPP1R10	Q96QC0	940 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM79	Q9BSE2	394 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	GATA5	Q9BWX5	397 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM160	Q9NX00	188 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	TRNAU1AP	Q9NX07	287 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	SLC8A2	Q9UPR5	921 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	RCE1	Q9Y256	329 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	COPG1	Q9Y678	874 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ZMYM2	Q9UBW7	1377 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	SLC22A23	A1A5C7	686 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	VWA3A	A6NCI4	1184 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454		F8W810	466 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CNOT3	O75175	753 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	KAT7	O95251	611 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	TOP3B	O95985	862 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CPA1	P15085	419 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	PTGER1	P34995	402 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	PNPLA4	P41247	253 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CCR5	P51681	352 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	KHDRBS1	Q07666	443 aa	Known RBP eCLIP	4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	KLF9	Q13886	244 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	C10orf25	Q5T742	122 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	LIPM	Q5VYY2	423 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ATG16L1	Q676U5	607 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	SHC4	Q6S5L8	630 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF474	Q6S9Z5	364 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF793	Q6ZN11	406 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	C1QL2	Q7Z5L3	287 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	RHPN2	Q8IUC4	686 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	LINS1	Q8NG48	757 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	OR52N4	Q8NGI2	321 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	C16orf52	Q8NHV5	167 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	COQ8B	Q96D53	544 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	TUBB6	Q9BUF5	446 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	PAPOLB	Q9NRJ5	636 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM98	Q9Y2Y6	226 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	INO80B-WBP1	J3KQ70	363 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454		J3KRW8	73 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	GRM8	O00222	908 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	KLK10	O43240	276 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ANP32C	O43423	234 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	TLR2	O60603	784 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CSF1	P09603	554 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	RFPL3S	P0C7P2	107 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ACP5	P13686	325 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	CDK18	Q07002	472 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	ALKBH1	Q13686	389 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CLK1-208	ENST00000464454	THOC5	Q13769	683 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 43.6 ms