RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000560427.1

NEDD8-208, Transcript of neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 8, human

TSL 2

Gene NEDD8, Length 654 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEDD8-208	ENST00000560427	HARS2	P49590	506 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CLCN5	P51795	746 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	NUBP1	P53384	320 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TNK2	Q07912	1038 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	ARID5B	Q14865	1188 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	NUGGC	Q68CJ6	796 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TRIM68	Q6AZZ1	485 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	VPS36	Q86VN1	386 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	XYLT1	Q86Y38	959 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	ADGRG2	Q8IZP9	1017 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	DQX1	Q8TE96	717 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CPA5	Q8WXQ8	436 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	PCDHB18P	Q96TA0	734 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	IRX2	Q9BZI1	471 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	HAUS4	Q9H6D7	363 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	SEPT11	Q9NVA2	429 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TLR6	Q9Y2C9	796 aa		13.57	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	IGLV3-25	P01717	112 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	IGLV3-27	P01718	113 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CYP17A1	P05093	508 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	SERPING1	P05155	500 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	ARSA	P15289	507 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	AOC1	P19801	751 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TNFAIP3	P21580	790 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CORO1A	P31146	461 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CASP14	P31944	242 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	NOS2	P35228	1153 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CHKA	P35790	457 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	EIF2D	P41214	584 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	MATK	P42679	507 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CDK17	Q00537	523 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	C1QBP	Q07021	282 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	FAM102A	Q5T9C2	384 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	E4F1	Q66K89	784 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CWF19L1	Q69YN2	538 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	ASTL	Q6HA08	431 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	MMS22L	Q6ZRQ5	1243 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	GAS2L3	Q86XJ1	694 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	UNC45B	Q8IWX7	931 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	BBS7	Q8IWZ6	715 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	DRC7	Q8IY82	874 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	FAM3C	Q92520	227 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	AZIN2	Q96A70	460 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	MRFAP1L1	Q96HT8	127 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	PIWIL1	Q96J94	861 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	VCPIP1	Q96JH7	1222 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	IER2	Q9BTL4	223 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TRIM5	Q9C035	493 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	LTB4R2	Q9NPC1	389 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	MARK1	Q9P0L2	795 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	SFMBT1	Q9UHJ3	866 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	STOML2	Q9UJZ1	356 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	STAP1	Q9ULZ2	295 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	NAALADL1	Q9UQQ1	740 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TICRR	Q7Z2Z1	1910 aa		13.56	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	FAM86C2P	A6NEL3	165 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	NCAM2	O15394	837 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	IRAK2	O43187	625 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	HOXC11	O43248	304 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TRUB2	O95900	331 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	SLC2A3	P11169	496 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	ADH5	P11766	374 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	GZMA	P12544	262 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	GBP1	P32455	592 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	GJA4	P35212	333 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TBX4	P57082	545 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	GAD2	Q05329	585 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	DHCR24	Q15392	516 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TAF5	Q15542	800 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TDRD12	Q587J7	1177 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	DCAF6	Q58WW2	860 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	HGSNAT	Q68CP4	663 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	ACAD10	Q6JQN1	1059 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	MON1B	Q7L1V2	547 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	ZNF571	Q7Z3V5	609 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TAC4	Q86UU9	113 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CNGA4	Q8IV77	575 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	FAM217A	Q8IXS0	508 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	DEFB106A	Q8N104	65 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	CPXM2	Q8N436	756 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	C3orf20	Q8ND61	904 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	FLCN	Q8NFG4	579 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	PJA1	Q8NG27	643 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TRIM11	Q96F44	468 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	DNAJC7	Q99615	494 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	C11orf70	Q9BRQ4	267 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	LRFN3	Q9BTN0	628 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	LINC00597	Q9H2U6	94 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	ADAM22	Q9P0K1	906 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	AGO1	Q9UL18	857 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	COL4A3	Q01955	1670 aa		13.55	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	OTOL1	A6NHN0	477 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	SHISA7	A6NL88	538 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	PALM2-AKAP2	B1ALY0	433 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	TRDMT1	O14717	391 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	MSI1	O43347	362 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	PDGFB	P01127	241 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	APOE	P02649	317 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	KLKB1	P03952	638 aa		13.54	□□□□□ -0.24
NEDD8-208	ENST00000560427	HMBS	P08397	361 aa		13.54	□□□□□ -0.24

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