RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 RASSF3Q86WH2 238 aa22.75■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PHTF2Q8N3S3 785 aa22.75■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 CNOT6LQ96LI5 555 aaKnown RBP22.75■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 NMUR1Q9HB89 426 aa22.75■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 SCML2Q9UQR0 700 aa22.75■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 CHD8Q9HCK8 2581 aa22.75■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 A0A1W2PQH9 124 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PALM2-AKAP2B1ALY0 433 aaPredicted RBP22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 TRIM24O15164 1050 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 TULP3O75386 442 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 BCKDHBP21953 392 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 KIR2DL1P43626 348 aaPredicted RBP22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 MXI1P50539 228 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 EDRF1Q3B7T1 1238 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 USP39Q53GS9 565 aaKnown RBP22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PPP1R26Q5T8A7 1209 aaPredicted RBP22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 KRT39Q6A163 491 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 ETFBKMTQ8IXQ9 262 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 ARID3AQ99856 593 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 KLF16Q9BXK1 252 aaPredicted RBP22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 CYLDQ9NQC7 956 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 CIZ1Q9ULV3 898 aaPredicted RBP22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PCDHGA5Q9Y5G8 931 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 EPG5Q9HCE0 2579 aa22.74■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 HOXC11O43248 304 aaPredicted RBP22.73■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 RHOBTB1O94844 696 aa22.73■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 IL31Q6EBC2 164 aa22.73■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 ERCC4Q92889 916 aaPredicted RBP22.73■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 DEC1Q9P2X7 70 aa22.73■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PCDHA5Q9Y5H7 936 aa22.73■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PLXND1Q9Y4D7 1925 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 LAMA1P25391 3075 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 TBC1D3BA6NDS4 549 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 CETN3O15182 167 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 ADAM23O75077 832 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 EPB41P11171 864 aaKnown RBP22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 RARGP13631 454 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 GTF2H1P32780 548 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 ATP5C1P36542 298 aaKnown RBP22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PRCPP42785 496 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 ENPEPQ07075 957 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 C10orf76Q5T2E6 689 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 FMR1NBQ8N0W7 255 aaPredicted RBP22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 FBXL13Q8NEE6 735 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 RLN3Q8WXF3 142 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 CCDC34Q96HJ3 373 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 VPS45Q9NRW7 570 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 MTPAPQ9NVV4 582 aaKnown RBP eCLIP22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 BCCIPQ9P287 314 aaKnown RBP eCLIP22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 NAGPAQ9UK23 515 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 CEP192Q8TEP8 1941 aa22.72■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 TNRC6BQ9UPQ9 1833 aaKnown RBP22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 NEDD8-MDP1E9PL57 170 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 GREM1O60565 184 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 ALDH1A2O94788 518 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PI4KAP42356 2102 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 TNFRSF4P43489 277 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 KIF11P52732 1056 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 DCAF17Q5H9S7 520 aaPredicted RBP22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 EOGTQ5NDL2 527 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 C10orf120Q5SQS8 335 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 TCERG1LQ5VWI1 586 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PMS2CLQ68D20 193 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 TPGS1Q6ZTW0 290 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 HTR3DQ70Z44 454 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 TERB1Q8NA31 727 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 HMGB4Q8WW32 186 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 TATDN2Q93075 761 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 HEXIM2Q96MH2 286 aaKnown RBP22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 DUSP16Q9BY84 665 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 PNPLA8Q9NP80 782 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 CISHQ9NSE2 258 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 DNAJC17Q9NVM6 304 aaKnown RBP22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 RAB20Q9NX57 234 aa22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 LSM7Q9UK45 103 aaKnown RBP22.71■■□□□ 1.23
USP40-215ENST00000484528 A0A0A0MRY4 1105 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 TCRBV21S2A2A0A5A6 115 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 BCLAF3A2AJT9 711 aaKnown RBP22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 GOLGA6L4A6NEF3 574 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 CAVIN2O95810 425 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 WASP42768 502 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 GOLGA8FQ08AF8 430 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 GOLGA8DPQ0D2H9 430 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 STPG1Q5TH74 334 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 SCD5Q86SK9 330 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 ZNF513Q8N8E2 541 aaPredicted RBP22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 SLC4A11Q8NBS3 891 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 BHMTQ93088 406 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 DUSP9Q99956 384 aaKnown RBP22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 BBS2Q9BXC9 721 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 DNAI2Q9GZS0 605 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 POLMQ9NP87 494 aaPredicted RBP22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 RMND1Q9NWS8 449 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 CACNA1BQ00975 2339 aa22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 MAP1BP46821 2468 aaKnown RBP22.7■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 DHPSP49366 369 aaPredicted RBP22.69■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 LIMK1P53667 647 aa22.69■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 PMS1P54277 932 aaKnown RBP22.69■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 RAD23BP54727 409 aa22.69■■□□□ 1.22
USP40-215ENST00000484528 HSF5Q4G112 596 aaPredicted RBP22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.2 ms