RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568586.5

RAB40C-211, Transcript of RAB40C, member RAS oncogene family, human

TSL 2

Gene RAB40C, Length 648 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RAB40C-211	ENST00000568586	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		42.93	■■■■■ 4.46
RAB40C-211	ENST00000568586	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		42.93	■■■■■ 4.46
RAB40C-211	ENST00000568586	SOCS7	O14512	581 aa		42.92	■■■■■ 4.46
RAB40C-211	ENST00000568586	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	42.92	■■■■■ 4.46
RAB40C-211	ENST00000568586	ADGRB1	O14514	1584 aa		42.9	■■■■■ 4.46
RAB40C-211	ENST00000568586	SHPRH	Q149N8	1683 aa		42.89	■■■■■ 4.46
RAB40C-211	ENST00000568586	ORAI2	Q96SN7	254 aa		42.88	■■■■■ 4.45
RAB40C-211	ENST00000568586	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		42.88	■■■■■ 4.45
RAB40C-211	ENST00000568586	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	42.85	■■■■■ 4.45
RAB40C-211	ENST00000568586	DLC1	Q96QB1	1528 aa		42.85	■■■■■ 4.45
RAB40C-211	ENST00000568586	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	42.83	■■■■■ 4.45
RAB40C-211	ENST00000568586	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	42.8	■■■■■ 4.44
RAB40C-211	ENST00000568586	LRP6	O75581	1613 aa		42.79	■■■■■ 4.44
RAB40C-211	ENST00000568586	PRAM1	Q96QH2	718 aa		42.76	■■■■■ 4.44
RAB40C-211	ENST00000568586	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		42.73	■■■■■ 4.43
RAB40C-211	ENST00000568586	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		42.72	■■■■■ 4.43
RAB40C-211	ENST00000568586	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		42.71	■■■■■ 4.43
RAB40C-211	ENST00000568586	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		42.68	■■■■■ 4.42
RAB40C-211	ENST00000568586	POGK	Q9P215	609 aa		42.67	■■■■■ 4.42
RAB40C-211	ENST00000568586	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		42.67	■■■■■ 4.42
RAB40C-211	ENST00000568586	POTEA	Q6S8J7	498 aa		42.65	■■■■■ 4.42
RAB40C-211	ENST00000568586	NUTM2F	A1L443	756 aa		42.63	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	ADGRB2	O60241	1585 aa		42.62	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	42.62	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	PXDN	Q92626	1479 aa		42.62	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		42.6	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	FOXO3	O43524	673 aa		42.6	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	42.58	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	42.57	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	42.57	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	42.57	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	42.57	■■■■■ 4.41
RAB40C-211	ENST00000568586	KIF1A	Q12756	1690 aa		42.54	■■■■■ 4.4
RAB40C-211	ENST00000568586	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		42.54	■■■■■ 4.4
RAB40C-211	ENST00000568586	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		42.53	■■■■■ 4.4
RAB40C-211	ENST00000568586	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		42.52	■■■■■ 4.4
RAB40C-211	ENST00000568586	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	42.51	■■■■■ 4.4
RAB40C-211	ENST00000568586	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	42.49	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		42.49	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	42.49	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	42.47	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	42.46	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		42.46	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	USP32	Q8NFA0	1604 aa		42.46	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	42.45	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	42.45	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	42.45	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	42.45	■■■■■ 4.39
RAB40C-211	ENST00000568586	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		42.41	■■■■■ 4.38
RAB40C-211	ENST00000568586	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		42.41	■■■■■ 4.38
RAB40C-211	ENST00000568586	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		42.39	■■■■■ 4.38
RAB40C-211	ENST00000568586	AFF2	P51816	1311 aa		42.39	■■■■■ 4.38
RAB40C-211	ENST00000568586	NEUROD1	Q13562	356 aa		42.38	■■■■■ 4.37
RAB40C-211	ENST00000568586	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		42.38	■■■■■ 4.37
RAB40C-211	ENST00000568586	C8orf37	Q96NL8	207 aa		42.35	■■■■■ 4.37
RAB40C-211	ENST00000568586	PSME1	Q06323	249 aa		42.34	■■■■■ 4.37
RAB40C-211	ENST00000568586	SBNO1	A3KN83	1393 aa		42.33	■■■■■ 4.37
RAB40C-211	ENST00000568586	ADAMTS2	O95450	1211 aa		42.33	■■■■■ 4.37
RAB40C-211	ENST00000568586	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		42.29	■■■■■ 4.36
RAB40C-211	ENST00000568586	NGLY1	Q96IV0	654 aa		42.28	■■■■■ 4.36
RAB40C-211	ENST00000568586	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		42.28	■■■■■ 4.36
RAB40C-211	ENST00000568586	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	42.26	■■■■■ 4.36
RAB40C-211	ENST00000568586	ATP7B	P35670	1465 aa		42.24	■■■■■ 4.35
RAB40C-211	ENST00000568586	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		42.24	■■■■■ 4.35
RAB40C-211	ENST00000568586	RXRB	P28702	533 aa		42.23	■■■■■ 4.35
RAB40C-211	ENST00000568586	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	42.23	■■■■■ 4.35
RAB40C-211	ENST00000568586	CDK19	Q9BWU1	502 aa		42.23	■■■■■ 4.35
RAB40C-211	ENST00000568586	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	42.21	■■■■■ 4.35
RAB40C-211	ENST00000568586	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	42.19	■■■■■ 4.34
RAB40C-211	ENST00000568586	ARHGEF10	O15013	1369 aa		42.19	■■■■■ 4.34
RAB40C-211	ENST00000568586	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	42.19	■■■■■ 4.34
RAB40C-211	ENST00000568586	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		42.17	■■■■■ 4.34
RAB40C-211	ENST00000568586	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	42.15	■■■■■ 4.34
RAB40C-211	ENST00000568586	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	42.15	■■■■■ 4.34
RAB40C-211	ENST00000568586	ITSN1	Q15811	1721 aa		42.15	■■■■■ 4.34
RAB40C-211	ENST00000568586	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		42.14	■■■■■ 4.34
RAB40C-211	ENST00000568586	USP21	Q9UK80	565 aa		42.14	■■■■■ 4.34
RAB40C-211	ENST00000568586	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	42.13	■■■■■ 4.33
RAB40C-211	ENST00000568586	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		42.13	■■■■■ 4.33
RAB40C-211	ENST00000568586	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	42.12	■■■■■ 4.33
RAB40C-211	ENST00000568586	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	42.12	■■■■■ 4.33
RAB40C-211	ENST00000568586	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		42.09	■■■■■ 4.33
RAB40C-211	ENST00000568586	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		42.09	■■■■■ 4.33
RAB40C-211	ENST00000568586	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	42.08	■■■■■ 4.33
RAB40C-211	ENST00000568586	TOPAZ1	Q8N9V7	1692 aa		42.08	■■■■■ 4.33
RAB40C-211	ENST00000568586	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	42.07	■■■■■ 4.33
RAB40C-211	ENST00000568586	ALS2	Q96Q42	1657 aa		42.06	■■■■■ 4.32
RAB40C-211	ENST00000568586	ATRN	O75882	1429 aa		42.06	■■■■■ 4.32
RAB40C-211	ENST00000568586	TONSL	Q96HA7	1378 aa		42.05	■■■■■ 4.32
RAB40C-211	ENST00000568586	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		42.05	■■■■■ 4.32
RAB40C-211	ENST00000568586	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		42.05	■■■■■ 4.32
RAB40C-211	ENST00000568586	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		42.04	■■■■■ 4.32
RAB40C-211	ENST00000568586	SLIT2	O94813	1529 aa		42.03	■■■■■ 4.32
RAB40C-211	ENST00000568586	ABCA3	Q99758	1704 aa		42	■■■■■ 4.31
RAB40C-211	ENST00000568586	ACE	P12821	1306 aa		41.99	■■■■■ 4.31
RAB40C-211	ENST00000568586	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	41.99	■■■■■ 4.31
RAB40C-211	ENST00000568586	CABP2	Q9NPB3	220 aa		41.97	■■■■■ 4.31
RAB40C-211	ENST00000568586	RGS12	O14924	1447 aa		41.96	■■■■■ 4.31
RAB40C-211	ENST00000568586	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	41.96	■■■■■ 4.31
RAB40C-211	ENST00000568586	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		41.95	■■■■■ 4.31

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