RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, human

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
C9orf3-215	ENST00000478473	SHPRH	Q149N8	1683 aa		34.31	■■■■□ 3.08
C9orf3-215	ENST00000478473	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	34.3	■■■■□ 3.08
C9orf3-215	ENST00000478473	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		34.29	■■■■□ 3.08
C9orf3-215	ENST00000478473	ADGRB1	O14514	1584 aa		34.28	■■■■□ 3.08
C9orf3-215	ENST00000478473	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		34.27	■■■■□ 3.08
C9orf3-215	ENST00000478473	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		34.25	■■■■□ 3.07
C9orf3-215	ENST00000478473	DLC1	Q96QB1	1528 aa		34.25	■■■■□ 3.07
C9orf3-215	ENST00000478473	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	34.23	■■■■□ 3.07
C9orf3-215	ENST00000478473	ORAI2	Q96SN7	254 aa		34.23	■■■■□ 3.07
C9orf3-215	ENST00000478473	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	34.21	■■■■□ 3.07
C9orf3-215	ENST00000478473	LRP6	O75581	1613 aa		34.2	■■■■□ 3.07
C9orf3-215	ENST00000478473	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		34.17	■■■■□ 3.06
C9orf3-215	ENST00000478473	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	34.16	■■■■□ 3.06
C9orf3-215	ENST00000478473	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		34.14	■■■■□ 3.06
C9orf3-215	ENST00000478473	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		34.13	■■■■□ 3.05
C9orf3-215	ENST00000478473	PRAM1	Q96QH2	718 aa		34.12	■■■■□ 3.05
C9orf3-215	ENST00000478473	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		34.1	■■■■□ 3.05
C9orf3-215	ENST00000478473	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		34.09	■■■■□ 3.05
C9orf3-215	ENST00000478473	POTEA	Q6S8J7	498 aa		34.08	■■■■□ 3.05
C9orf3-215	ENST00000478473	ADGRB2	O60241	1585 aa		34.07	■■■■□ 3.05
C9orf3-215	ENST00000478473	PXDN	Q92626	1479 aa		34.06	■■■■□ 3.04
C9orf3-215	ENST00000478473	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		34.04	■■■■□ 3.04
C9orf3-215	ENST00000478473	POGK	Q9P215	609 aa		34.03	■■■■□ 3.04
C9orf3-215	ENST00000478473	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		34.03	■■■■□ 3.04
C9orf3-215	ENST00000478473	KIF1A	Q12756	1690 aa		34.01	■■■■□ 3.04
C9orf3-215	ENST00000478473	FOXO3	O43524	673 aa		34	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		33.99	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	NUTM2F	A1L443	756 aa		33.99	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	33.99	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	33.98	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	33.97	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	33.96	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	33.96	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	33.96	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	33.96	■■■■□ 3.03
C9orf3-215	ENST00000478473	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	33.93	■■■■□ 3.02
C9orf3-215	ENST00000478473	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		33.92	■■■■□ 3.02
C9orf3-215	ENST00000478473	USP32	Q8NFA0	1604 aa		33.92	■■■■□ 3.02
C9orf3-215	ENST00000478473	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	33.91	■■■■□ 3.02
C9orf3-215	ENST00000478473	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	33.91	■■■■□ 3.02
C9orf3-215	ENST00000478473	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		33.9	■■■■□ 3.02
C9orf3-215	ENST00000478473	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	33.89	■■■■□ 3.02
C9orf3-215	ENST00000478473	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	33.88	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		33.88	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		33.87	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		33.87	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	AFF2	P51816	1311 aa		33.86	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	33.86	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		33.86	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	33.85	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		33.85	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	33.84	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		33.83	■■■■□ 3.01
C9orf3-215	ENST00000478473	SBNO1	A3KN83	1393 aa		33.82	■■■■□ 3
C9orf3-215	ENST00000478473	PSME1	Q06323	249 aa		33.8	■■■■□ 3
C9orf3-215	ENST00000478473	C8orf37	Q96NL8	207 aa		33.8	■■■■□ 3
C9orf3-215	ENST00000478473	ADAMTS2	O95450	1211 aa		33.78	■■■■□ 3
C9orf3-215	ENST00000478473	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	33.78	■■■■□ 3
C9orf3-215	ENST00000478473	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		33.78	■■■■□ 3
C9orf3-215	ENST00000478473	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	33.77	■■■■□ 3
C9orf3-215	ENST00000478473	ATP7B	P35670	1465 aa		33.76	■■■□□ 2.99
C9orf3-215	ENST00000478473	NGLY1	Q96IV0	654 aa		33.75	■■■□□ 2.99
C9orf3-215	ENST00000478473	RXRB	P28702	533 aa		33.73	■■■□□ 2.99
C9orf3-215	ENST00000478473	NEUROD1	Q13562	356 aa		33.73	■■■□□ 2.99
C9orf3-215	ENST00000478473	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		33.73	■■■□□ 2.99
C9orf3-215	ENST00000478473	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		33.72	■■■□□ 2.99
C9orf3-215	ENST00000478473	ARHGEF10	O15013	1369 aa		33.71	■■■□□ 2.99
C9orf3-215	ENST00000478473	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	33.7	■■■□□ 2.99
C9orf3-215	ENST00000478473	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	33.7	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	33.69	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	CDK19	Q9BWU1	502 aa		33.69	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	33.69	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	33.68	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	ITSN1	Q15811	1721 aa		33.67	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	33.67	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		33.66	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	USP21	Q9UK80	565 aa		33.65	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		33.64	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		33.64	■■■□□ 2.98
C9orf3-215	ENST00000478473	TOPAZ1	Q8N9V7	1692 aa		33.63	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	ALS2	Q96Q42	1657 aa		33.63	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	ATRN	O75882	1429 aa		33.62	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	33.62	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		33.61	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	33.61	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	SLIT2	O94813	1529 aa		33.6	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		33.6	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	33.6	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	33.59	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	ABCA3	Q99758	1704 aa		33.58	■■■□□ 2.97
C9orf3-215	ENST00000478473	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		33.57	■■■□□ 2.96
C9orf3-215	ENST00000478473	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	33.56	■■■□□ 2.96
C9orf3-215	ENST00000478473	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		33.55	■■■□□ 2.96
C9orf3-215	ENST00000478473	RGS12	O14924	1447 aa		33.54	■■■□□ 2.96
C9orf3-215	ENST00000478473	TONSL	Q96HA7	1378 aa		33.53	■■■□□ 2.96
C9orf3-215	ENST00000478473	ACE	P12821	1306 aa		33.52	■■■□□ 2.96
C9orf3-215	ENST00000478473	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		33.51	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		33.51	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		33.48	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	33.48	■■■□□ 2.95

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