RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558836.5

CUX1-217, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 5

Gene CUX1, Length 2,965 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-217	ENST00000558836	LRRC34	Q8IZ02	419 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MICALL1	Q8N3F8	863 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ARRDC4	Q8NCT1	418 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ZFP42	Q96MM3	310 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MAK16	Q9BXY0	300 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	FAM129A	Q9BZQ8	928 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CNOT10	Q9H9A5	744 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	WDR35	Q9P2L0	1181 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SMIM28	A0A1B0GU29	152 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ITGAV	P06756	1048 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ZNF865	P0CJ78	1059 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	RBP3	P10745	1247 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	RPL22	P35268	128 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	EIF3E	P60228	445 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	BASP1	P80723	227 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MAP2K5	Q13163	448 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SNX17	Q15036	470 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SPRED3	Q2MJR0	410 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	FNBP1L	Q5T0N5	605 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	RNASEH2B	Q5TBB1	312 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	C9orf57	Q5W0N0	161 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CYP4V2	Q6ZWL3	525 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	FNIP1	Q8TF40	1166 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	DYDC1	Q8WWB3	177 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CHMP6	Q96FZ7	201 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SEC16B	Q96JE7	1060 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ASNSD1	Q9NWL6	643 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	EXOC1L	A0A1B0GW35	172 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MYADML2	A6NDP7	307 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	RRN3P2	A6NIE6	340 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SLC15A5	A6NIM6	579 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PAPSS1	O43252	624 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PRPSAP2	O60256	369 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SPAG7	O75391	227 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	BRAF	P15056	766 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ACAT1	P24752	427 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SSTR1	P30872	391 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	DCAF4L1	Q3SXM0	396 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TNFAIP8L3	Q5GJ75	292 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	VSTM1	Q6UX27	236 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	BBS12	Q6ZW61	710 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CMAS	Q8NFW8	434 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	FAM172A	Q8WUF8	416 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	NKD2	Q969F2	451 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TMEM109	Q9BVC6	243 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ROPN1B	Q9BZX4	212 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ROPN1	Q9HAT0	212 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	GGT7	Q9UJ14	662 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	DRG1	Q9Y295	367 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	NR2E3	Q9Y5X4	410 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SCN4A	P35499	1836 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	DRD4	P21917	467 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	EFTUD2	Q15029	972 aa	Known RBP eCLIP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ZBTB6	Q15916	424 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	FAXC	Q5TGI0	409 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MFSD5	Q6N075	450 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	DRICH1	Q6PGQ1	229 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	OLFML1	Q6UWY5	402 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	OTUD6B	Q8N6M0	293 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	BBOF1	Q8ND07	529 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	BEST2	Q8NFU1	509 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CPT1B	Q92523	772 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	KHSRP	Q92945	711 aa	Known RBP eCLIP	11.11	□□□□□ -0.63	4e-6	■■■■□ 19.6
CUX1-217	ENST00000558836	CABS1	Q96KC9	395 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SERPINB12	Q96P63	405 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PAIP2	Q9BPZ3	127 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CNPY3	Q9BT09	278 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SYNJ2BP-COX16	A0A087WUM0	186 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CTSH	P09668	335 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PSEN2	P49810	448 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	DPYSL3	Q14195	570 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	KRT81	Q14533	505 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MORN1	Q5T089	497 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	DARS2	Q6PI48	645 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TAOK1	Q7L7X3	1001 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SLC2A14	Q8TDB8	520 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PRCC	Q92733	491 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ZNF317	Q96PQ6	595 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ELAC2	Q9BQ52	826 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	NMRK2	Q9NPI5	230 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	COX16	Q9P0S2	106 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CLDN5	O00501	218 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	HGS	O14964	777 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	AVIL	O75366	819 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	KIAA0754	O94854	1291 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TMEM63A	O94886	807 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	C6orf222	P0C671	652 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	GCA	P28676	217 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	KYAT1	Q16773	422 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	FBXO47	Q5MNV8	452 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TWF2	Q6IBS0	349 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TRAF3IP1	Q8TDR0	691 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SLC35F5	Q8WV83	523 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	KBTBD7	Q8WVZ9	684 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TSPYL1	Q9H0U9	437 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	RASSF4	Q9H2L5	321 aa		11.1	□□□□□ -0.63

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