RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000427947.7

USP40-204, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, human

TSL 2

Gene USP40, Length 794 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP40-204	ENST00000427947	KCNAB1	Q14722	419 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	PTPRR	Q15256	657 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	NPY5R	Q15761	445 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	TBCC	Q15814	346 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	TXNRD1	Q16881	649 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	CERCAM	Q5T4B2	595 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	HECTD2	Q5U5R9	776 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	KAZN	Q674X7	775 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	PLAG1	Q6DJT9	500 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	LAIR1	Q6GTX8	287 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947		Q6ZPA2	131 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	TXLNB	Q8N3L3	684 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	FANCB	Q8NB91	859 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	OSCP1	Q8WVF1	389 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	BRI3BP	Q8WY22	251 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	TTPAL	Q9BTX7	342 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	ALG8	Q9BVK2	526 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	AS3MT	Q9HBK9	375 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	GLOD4	Q9HC38	313 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	ARFGAP3	Q9NP61	516 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	KLC4	Q9NSK0	619 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	TRMT13	Q9NUP7	481 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	LRIT1	Q9P2V4	623 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	DAAM1	Q9Y4D1	1078 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	CEP83	Q9Y592	693 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	EPN1	Q9Y6I3	576 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	COL4A3	Q01955	1670 aa		4.96	□□□□□ -1.61
USP40-204	ENST00000427947	ADM5	C9JUS6	153 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	MPPED1	O15442	326 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	TLR5	O60602	858 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ESRRB	O95718	433 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	FSHB	P01225	129 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ERBB2	P04626	1255 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	MYL4	P12829	197 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	PRKAR1B	P31321	381 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	MAPK10	P53779	464 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	MRPS35	P82673	323 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	FOXI1	Q12951	378 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	KLF10	Q13118	480 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	FHL2	Q14192	279 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	SLC35G1	Q2M3R5	365 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ZNF750	Q32MQ0	723 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	TEDDM1	Q5T9Z0	273 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	KIAA0895L	Q68EN5	471 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	TOGARAM2	Q6ZUX3	1019 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	MAVS	Q7Z434	540 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	DTX2	Q86UW9	622 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ACTRT2	Q8TDY3	377 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ATRIP	Q8WXE1	791 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	GLG1	Q92896	1179 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	PBK	Q96KB5	322 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	PRRX2	Q99811	253 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	MAGEB5	Q9BZ81	275 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	SCAND2P	Q9GZW5	306 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	EHD3	Q9NZN3	535 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	DKK3	Q9UBP4	350 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	DKK4	Q9UBT3	224 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	TAGLN3	Q9UI15	199 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	MAN2B2	Q9Y2E5	1009 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947		A0A087WZ62	844 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947		A1L4Q6	167 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	WDR27	A2RRH5	827 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	AREL1	O15033	823 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	SLC16A3	O15427	465 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	CD3EAP	O15446	510 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	NDST3	O95803	873 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	FES	P07332	822 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	SETSIP	P0DME0	302 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	NR2F6	P10588	404 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	EEF1G	P26641	437 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ACVRL1	P37023	503 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	MPL	P40238	635 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ATXN1	P54253	815 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	CCNI	Q14094	377 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	LY6K	Q17RY6	165 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	DGKK	Q5KSL6	1271 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	TREML2	Q5T2D2	321 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ZNF618	Q5T7W0	954 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	PEG10	Q86TG7	708 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	IZUMO1	Q8IYV9	350 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ABRA	Q8N0Z2	381 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	SPICE1	Q8N0Z3	855 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	CCDC150	Q8NCX0	1101 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	PMM1	Q92871	262 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ZNF566	Q969W8	418 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	R3HDM4	Q96D70	268 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	TRIM5	Q9C035	493 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	TOR3A	Q9H497	397 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	FAM83D	Q9H4H8	585 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	CDC23	Q9UJX2	597 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	ING1	Q9UK53	422 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	SALL3	Q9BXA9	1300 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	URI1	O94763	535 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
USP40-204	ENST00000427947	NXPH3	O95157	252 aa		4.94	□□□□□ -1.62

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