RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 SYDE1Q6ZW31 735 aaPredicted RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 SLFN11Q7Z7L1 901 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ZFPM1Q8IX07 1006 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ACSF2Q96CM8 615 aaPredicted RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 RNPC3Q96LT9 517 aaKnown RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 MKNK1Q9BUB5 465 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 PITPNM3Q9BZ71 974 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 DDX47Q9H0S4 455 aaKnown RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 KIAA1257Q9ULG3 409 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 E2F8A0AVK6 867 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 SRP72O76094 671 aaKnown RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 BRAFP15056 766 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 SLC45A4Q5BKX6 768 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 CELF3Q5SZQ8 465 aaKnown RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 SPATA18Q8TC71 538 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 IDI2Q9BXS1 227 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 RAD18Q9NS91 495 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 CHCHD3Q9NX63 227 aaKnown RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ARHGAP26Q9UNA1 814 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 PHLPP1O60346 1717 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ELNP15502 786 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 POLR2EP19388 210 aaKnown RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 YWHAQP27348 245 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 HIRAP54198 1017 aaPredicted RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 NCALDP61601 193 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 PSMC6P62333 389 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 LRRC74AQ0VAA2 488 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 BST2Q10589 180 aaKnown RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 STK4Q13043 487 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 FKBP1CQ5VVH2 108 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 DSG4Q86SJ6 1040 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 PATL1Q86TB9 770 aaKnown RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 TASP1Q9H6P5 420 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 WWOXQ9NZC7 414 aa9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ZC3H7BQ9UGR2 993 aaKnown RBP9.86□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 SLC9A1P19634 815 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ACAT1P24752 427 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 IFT88Q13099 833 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 GRB10Q13322 594 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 DHX34Q14147 1143 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 TTLL9Q3SXZ7 439 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 SMARCD1Q96GM5 515 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 TMEM176AQ96HP8 235 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 UROC1Q96N76 676 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 PAK5Q9P286 719 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 TRMT6Q9UJA5 497 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 TRAV19A0A0A6YYK7 116 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 FRMD3A2A2Y4 597 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 F9P00740 461 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 NR1D1P20393 614 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 GALCP54803 685 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ACOX1Q15067 660 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 TRADDQ15628 312 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 DENND5BQ6ZUT9 1274 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 C16orf59Q7L2K0 433 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 CBWD2Q8IUF1 395 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 FAM118BQ9BPY3 351 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 CORO1BQ9BR76 489 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 MRPL40Q9NQ50 206 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 PSD3Q9NYI0 1048 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ADA2Q9NZK5 511 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 HDAC6Q9UBN7 1215 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 TPX2Q9ULW0 747 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 POLBP06746 335 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 GRK4P32298 578 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 TUFMP49411 452 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 TBX4P57082 545 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 BTBD6Q96KE9 485 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 LIMA1Q9UHB6 759 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 VPS9D1Q9Y2B5 631 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF541Q9H0D2 1346 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 PTGER2P43116 358 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 MTFR1Q15390 333 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 NUGGCQ68CJ6 796 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ANKRD23Q86SG2 305 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 HIPK4Q8NE63 616 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 POP1Q99575 1024 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 FTHL17Q9BXU8 183 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 MIR1-1HGQ9H1L0 117 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 SMYD3Q9H7B4 428 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 SLC28A3Q9HAS3 691 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 LRRC4BQ9NT99 713 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 NRCAMQ92823 1304 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ANO9A1A5B4 782 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 AGRPO00253 132 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 DCTN3O75935 186 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 GEMIN4P57678 1058 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 KIAA1324Q6UXG2 1013 aaKnown RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 OMDQ99983 421 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ECT2Q9H8V3 914 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 PDGFCQ9NRA1 345 aa9.85□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 A0A1B0GUA9 196 aa9.84□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 IFRD1O00458 451 aaPredicted RBP9.84□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ALOX15P16050 662 aaPredicted RBP9.84□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 GRK3P35626 688 aa9.84□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 HELQQ8TDG4 1101 aa9.84□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 CEP19Q96LK0 163 aa9.84□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ADGRE3Q9BY15 652 aa9.84□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 RUBCNLQ9H714 662 aa9.84□□□□□ -0.83
PTPRB-204ENST00000538708 ASAH2Q9NR71 780 aa9.84□□□□□ -0.83
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.1 ms