RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	SNX9	Q9Y5X1	595 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PIAS3	Q9Y6X2	628 aa		12.86	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PVALEF	A0A1B0GWK0	134 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	MAN2B1	O00754	1011 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF263	O14978	683 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CLIC2	O15247	247 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT19	P08727	400 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CDC25C	P30307	473 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SOX9	P48436	509 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	MLLT6	P55198	1093 aa	Predicted RBP	12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	NLRP12	P59046	1061 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPY1	Q01534	308 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP24A1	Q07973	514 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	MTAP	Q13126	283 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	VEPH1	Q14D04	833 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMD6	Q15008	389 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SNRNP35	Q16560	246 aa	Known RBP	12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	NFE2	Q16621	373 aa	Predicted RBP	12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CFAP221	Q4G0U5	840 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SDHAF4	Q5VUM1	108 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM171B	Q6P995	826 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	C12orf56	Q8IXR9	622 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ADSSL1	Q8N142	457 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SUMF1	Q8NBK3	374 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD36BP1	Q96IX9	119 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFYVE19	Q96K21	471 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CGRRF1	Q99675	332 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CHRD	Q9H2X0	955 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SEMA4A	Q9H3S1	761 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA1586	Q9HCI6	787 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF3C4	Q9UKN8	822 aa		12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS17	Q9Y2R5	130 aa	Known RBP	12.85	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	MYBPHL	A2RUH7	354 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	LAMTOR5	O43504	91 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP2C2	O75185	946 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	NOL4	O94818	638 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CST3	P01034	146 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SLFN14	P0C7P3	912 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CHRNB1	P11230	501 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	WARS	P23381	471 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2F1	P24903	491 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	LMO2	P25791	158 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2J2	P51589	502 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SNRPF	P62306	86 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	GAS6	Q14393	721 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SURF1	Q15526	300 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	DDR2	Q16832	855 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	DUOXA2	Q1HG44	320 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGAP15	Q53QZ3	475 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TXNDC11	Q6PKC3	985 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	MAMSTR	Q6ZN01	415 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	DPH6	Q7L8W6	267 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAPPC11	Q7Z392	1133 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CMTM8	Q8IZV2	173 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB44	Q8NCP5	570 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA0895	Q8NCT3	520 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM200A	Q8TCP9	573 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM3C	Q92520	227 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF516	Q92618	1163 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CHFR	Q96EP1	664 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	HPDL	Q96IR7	371 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SMG9	Q9H0W8	520 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC39A2	Q9NP94	309 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CRTAC1	Q9NQ79	661 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SERTAD1	Q9UHV2	236 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	NDRG2	Q9UN36	371 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	HPSE	Q9Y251	543 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL26	Q9Y258	94 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	DCHS1	Q96JQ0	3298 aa		12.84	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	FRYL	O94915	3013 aa		12.83	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	PATJ	Q8NI35	1801 aa		12.83	□□□□□ -0.35
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC38A8	A6NNN8	435 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	LILRB5	O75023	590 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	LMNA	P02545	664 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TNNC2	P02585	160 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	HSP90AA1	P07900	732 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CSH1	P0DML2	217 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CSH2	P0DML3	217 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CCNE1	P24864	410 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PCSK1	P29120	753 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CTH	P32929	405 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGEA11	P43364	429 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	AFM	P43652	599 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	LHX1	P48742	406 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MYL7	Q01449	175 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CSTF1	Q05048	431 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TNK2	Q07912	1038 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	STK4	Q13043	487 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TXNDC8	Q6A555	127 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TSSK4	Q6SA08	328 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	XXYLT1	Q8NBI6	393 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	RDH13	Q8NBN7	331 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	USP13	Q92995	863 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TRMT2B	Q96GJ1	504 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PAGE5	Q96GU1	130 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MSANTD3	Q96H12	275 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	FUBP3	Q96I24	572 aa	Known RBP eCLIP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MYRFL	Q96LU7	910 aa		12.83	□□□□□ -0.36

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