RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000433888.5

PTPN4-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 954 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-205	ENST00000433888	PRRT4	C9JH25	899 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	DCLK1	O15075	740 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ARIH2	O95376	493 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	TUBB4A	P04350	444 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	IGKV2-30	P06310	120 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	LIPA	P38571	399 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	HK3	P52790	923 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SP2	Q02086	613 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ZNF618	Q5T7W0	954 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	PRAMEF17	Q5VTA0	474 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC18B1	Q6NT16	456 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SH2D3A	Q9BRG2	576 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SPC25	Q9HBM1	224 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	CYP2D6	P10635	497 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	PDC	P20941	246 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ALDH9A1	P49189	494 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	CDKN1C	P49918	316 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ZNF134	P52741	427 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ITK	Q08881	620 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	NOG	Q13253	232 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	TEDDM1	Q5T9Z0	273 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	TMEM108	Q6UXF1	575 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC29A4	Q7RTT9	530 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	WDR53	Q7Z5U6	358 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	PPP1R3B	Q86XI6	285 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	FANCB	Q8NB91	859 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	NRIP3	Q9NQ35	241 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	DUSP22	Q9NRW4	184 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SSX2IP	Q9Y2D8	614 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ZNF521	Q96K83	1311 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888		M0QYG6	137 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC16A6	O15403	523 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC16A3	O15427	465 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	TOP3B	O95985	862 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	IL6R	P08887	468 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	CDK11B	P21127	795 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	CYP2C18	P33260	490 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	EEFSEC	P57772	596 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	FAM160B1	Q5W0V3	765 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ICE2	Q659A1	982 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC9A4	Q6AI14	798 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SFRP4	Q6FHJ7	346 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	HEATR3	Q7Z4Q2	680 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ABCF2	Q9UG63	623 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SH2B3	Q9UQQ2	575 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SMIM22	K7EJ46	135 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	TLR5	O60602	858 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	KATNA1	O75449	491 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ONECUT2	O95948	504 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	CYP4F2	P78329	520 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	PTPN21	Q16825	1174 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	TREML2	Q5T2D2	321 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	THEMIS2	Q5TEJ8	643 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	FAM46D	Q8NEK8	389 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC46A1	Q96NT5	459 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ST6GALNAC1	Q9NSC7	600 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	HESX1	Q9UBX0	185 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	PPEF2	O14830	753 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	DNAJB5	O75953	348 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	BMP15	O95972	392 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	AHSG	P02765	367 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	PIM1	P11309	404 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	TYR	P14679	529 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	CLCN2	P51788	898 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	HOXA4	Q00056	320 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	DAZAP2	Q15038	168 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	PCID2	Q5JVF3	399 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC2A7	Q6PXP3	512 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	CHSY1	Q86X52	802 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	DENND1A	Q8TEH3	1009 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	MTMR8	Q96EF0	704 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	MACROD1	Q9BQ69	325 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	FSD1L	Q9BXM9	530 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	SPRTN	Q9H040	489 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-205	ENST00000433888	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	SMIM35	A0A1B0GVV1	85 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TRIM38	O00635	465 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	IKBKB	O14920	756 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ERC2	O15083	957 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	NTN1	O95631	604 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	NR4A2	P43354	598 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	MAP2K6	P52564	334 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	USP45	Q70EL2	814 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	MIER2	Q8N344	545 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	GALNT16	Q8N428	558 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	CPA6	Q8N4T0	437 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PRPF38A	Q8NAV1	312 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ATG4A	Q8WYN0	398 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	RGMA	Q96B86	450 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PRSS22	Q9GZN4	317 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	FEZ2	Q9UHY8	353 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		4.9	□□□□□ -1.63

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