RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561431.1

LRRC28-222, Transcript of leucine rich repeat containing 28, human

TSL 3

Gene LRRC28, Length 754 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Endoplasmic reticulum .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LRRC28-222	ENST00000561431	POU5F1B	Q06416	359 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SP140	Q13342	867 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MRPL49	Q13405	166 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	ZRSR2	Q15696	482 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MAP9	Q49MG5	647 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	FAM47A	Q5JRC9	791 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	AFMID	Q63HM1	303 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	ICE2	Q659A1	982 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MFSD5	Q6N075	450 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CRIP3	Q6Q6R5	217 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SPRED1	Q7Z699	444 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SRGAP1	Q7Z6B7	1085 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CIR1	Q86X95	450 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	GSPT2	Q8IYD1	628 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	GPR135	Q8IZ08	494 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	D2HGDH	Q8N465	521 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SLC39A13	Q96H72	371 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	ZNF512	Q96ME7	567 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CPPED1	Q9BRF8	314 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MRI1	Q9BV20	369 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	B3GNT5	Q9BYG0	378 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	AGO3	Q9H9G7	860 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SLAMF7	Q9NQ25	335 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CASS4	Q9NQ75	786 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CALCOCO1	Q9P1Z2	691 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CPA4	Q9UI42	421 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	ANAPC4	Q9UJX5	808 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	LRRC37A3	O60309	1634 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	PMS2P1	A4D2B8	440 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CAPN8	A6NHC0	703 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	TTC36	A6NLP5	189 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MATN2	O00339	956 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MFAP3L	O75121	409 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	TUSC2	O75896	110 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	STC2	O76061	302 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	PLAT	P00750	562 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	GNAI3	P08754	354 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MAL	P21145	153 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	FPR1	P21462	350 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	PCSK1	P29120	753 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MSX2	P35548	267 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	HK3	P52790	923 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CTXN1	P60606	82 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	GNAI1	P63096	354 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MTM1	Q13496	603 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	FGL2	Q14314	439 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MAPRE1	Q15691	268 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	ZNF529	Q6P280	563 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	DARS2	Q6PI48	645 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CASC1	Q6TDU7	716 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	OVCH2	Q7RTZ1	564 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	ZNF572	Q7Z3I7	529 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	FAM83A	Q86UY5	434 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SGMS1	Q86VZ5	419 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	XYLT1	Q86Y38	959 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	LILRA3	Q8N6C8	439 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SAMD3	Q8N6K7	520 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MB21D1	Q8N884	522 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CASKIN2	Q8WXE0	1202 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	DVL3	Q92997	716 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SLC35A4	Q96G79	324 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CEP95	Q96GE4	821 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	FAM167A	Q96KS9	214 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	INO80B	Q9C086	356 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	C11orf54	Q9H0W9	315 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MSL2	Q9HCI7	577 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SARS2	Q9NP81	518 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	PNPO	Q9NVS9	261 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	PLA2G3	Q9NZ20	509 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	STAP2	Q9UGK3	403 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	PEAK1	Q9H792	1746 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	LTN1	O94822	1766 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	RGPD5	Q99666	1765 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CRB1	P82279	1406 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431		A0A1W2PPL8	197 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	TCRBV7S2A1N4T	A0A589	114 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431		B5MCH6	92 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	IFRD1	O00458	451 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MGEA5	O60502	916 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	IPO13	O94829	963 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	CD1A	P06126	327 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	MTHFD1	P11586	935 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	ALOX15	P16050	662 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
LRRC28-222	ENST00000561431	GUCY1A2	P33402	732 aa		4.84	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 52.2 ms