RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TAF1B	Q53T94	588 aa	Predicted RBP	11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	FAM182B	Q5T319	152 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CASC4	Q6P4E1	433 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CENPU	Q71F23	418 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SMC1B	Q8NDV3	1235 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TBC1D22A	Q8WUA7	517 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SLC5A5	Q92911	643 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM117	Q9H0C3	514 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CES2	O00748	559 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	HNRNPDL	O14979	420 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TTC4	O95801	387 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	LMNA	P02545	664 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ARSE	P51690	589 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	EPHA7	Q15375	998 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	LMBRD2	Q68DH5	695 aa	Predicted RBP	11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	NLRP9	Q7RTR0	991 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	FAM228A	Q86W67	206 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC125	Q86Z20	511 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	XXYLT1	Q8NBI6	393 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	MTFR1L	Q9H019	292 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PFAS	O15067	1338 aa		11.74	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	KCNQ2	O43526	872 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ENO1	P06733	434 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ATP4A	P20648	1035 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	NFIX	Q14938	502 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SMAD1	Q15797	465 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF394	Q53GI3	561 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	OGFOD1	Q8N543	542 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RMDN2	Q96LZ7	410 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CD209	Q9NNX6	404 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	MAD1L1	Q9Y6D9	718 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	STK24	Q9Y6E0	443 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SLC4A7	Q9Y6M7	1214 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ZBTB39	O15060	712 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SLC16A4	O15374	487 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TRPA1	O75762	1119 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RALA	P11233	206 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CALB2	P22676	271 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	NOP14	P78316	857 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	THOC5	Q13769	683 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PRUNE1	Q86TP1	453 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TEX9	Q8N6V9	391 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	LRRC57	Q8N9N7	239 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	C1orf131	Q8NDD1	294 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PIP4K2C	Q8TBX8	421 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	HES6	Q96HZ4	224 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ACCS	Q96QU6	501 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ADAM22	Q9P0K1	906 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	EXOC7	Q9UPT5	735 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	NEU2	Q9Y3R4	380 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147		A0A0A6YYK5	440 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TCRBV7S2A1N4T	A0A589	114 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147		H0YGN5	161 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	GGPS1	O95749	300 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	POLR2M	P0CAP2	368 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	BMP3	P12645	472 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ANXA13	P27216	316 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TMPRSS15	P98073	1019 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	PALB2	Q86YC2	1186 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TEKT3	Q9BXF9	490 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RNPEPL1	Q9HAU8	725 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CYP4F11	Q9HBI6	524 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	NFS1	Q9Y697	457 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		11.73	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	IGSF9B	Q9UPX0	1349 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ESYT2	A0FGR8	921 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	EYA4	O95677	639 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	NUDT17	P0C025	328 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RPA1	P27694	616 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CBWD6	Q4V339	395 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM119	Q4V9L6	283 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CBWD3	Q5JTY5	395 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CBWD5	Q5RIA9	395 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CHADL	Q6NUI6	762 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TTC8	Q8TAM2	541 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SPIRE2	Q8WWL2	714 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	HAS1	Q92839	578 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	KAT5	Q92993	513 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	MAGEB18	Q96M61	343 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	CHST7	Q9NS84	486 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	TXNDC16	Q9P2K2	825 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	HEY2	Q9UBP5	337 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	ANGPTL2	Q9UKU9	493 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	C2CD2	Q9Y426	696 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147		O00370	1275 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	SLC16A3	O15427	465 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	KRT4	P19013	534 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	YY1	P25490	414 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	VHL	P40337	213 aa		11.72	□□□□□ -0.53
CLN3-244	ENST00000636147	NPEPPS	P55786	919 aa		11.72	□□□□□ -0.53

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