RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	RINT1	Q6NUQ1	792 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	DTHD1	Q6ZMT9	781 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ZDHHC14	Q8IZN3	488 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC15	Q8TF66	581 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF707	Q96C28	371 aa	Predicted RBP	13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	COLEC11	Q9BWP8	271 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	RHOBTB2	Q9BYZ6	727 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB34	Q9BZG1	259 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPRH	Q9HD43	1115 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	MAN1C1	Q9NR34	630 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	UST	Q9Y2C2	406 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	NR2E1	Q9Y466	385 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF3A	Q9Y496	699 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	STK24	Q9Y6E0	443 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TECTA	O75443	2155 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PHLPP2	Q6ZVD8	1323 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	MEFV	O15553	781 aa	Predicted RBP	13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	N4BP1	O75113	896 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	BRD1	O95696	1058 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	C1R	P00736	705 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	LIG1	P18858	919 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	USP41	Q3LFD5	358 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	DCAF4L1	Q3SXM0	396 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM119	Q4V9L6	283 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ATAT1	Q5SQI0	421 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ATF7IP2	Q5U623	682 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	MCTP1	Q6DN14	999 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	LILRA6	Q6PI73	481 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CD300LG	Q6UXG3	332 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	C15orf39	Q6ZRI6	1047 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP120	Q8N960	986 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM87A	Q8NBN3	555 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	KREMEN2	Q8NCW0	462 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	HASPIN	Q8TF76	798 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	IFT74	Q96LB3	600 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R10	Q96QC0	940 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ADPGK	Q9BRR6	497 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CDT1	Q9H211	546 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SMOC2	Q9H3U7	446 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	FNIP2	Q9P278	1114 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	DNM3	Q9UQ16	869 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFSF13B	Q9Y275	285 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SSX2IP	Q9Y2D8	614 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TGM5	O43548	720 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	NR1I2	O75469	434 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GLUD1	P00367	558 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TH	P07101	528 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ASGR2	P07307	311 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ADH1A	P07327	375 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL17	P18621	184 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PROZ	P22891	400 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GUCY2C	P25092	1073 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	MCM2	P49736	904 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PEX3	P56589	373 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CUL4A	Q13619	759 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	XKR4	Q5GH76	650 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS55	Q6UWB4	352 aa	Predicted RBP	13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TDRD5	Q8NAT2	981 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	RIN2	Q8WYP3	895 aa	Predicted RBP	13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	MFSD14A	Q96MC6	490 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ACO2	Q99798	780 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	NTPCR	Q9BSD7	190 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNH6	Q9H252	994 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM134	Q9H6X4	195 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SORCS3	Q9UPU3	1222 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GDA	Q9Y2T3	454 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	DENND4A	Q7Z401	1863 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SFI1	A8K8P3	1242 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	RFPL2	O75678	378 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PDGFB	P01127	241 aa	Predicted RBP	13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GRM5	P41594	1212 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC12A3	P55017	1021 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	GLRA4	Q5JXX5	417 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	IER5L	Q5T953	404 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ARL6IP4	Q66PJ3	421 aa	Known RBP	13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ALKAL1	Q6UXT8	129 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC149	Q6ZUS6	474 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXL6	Q8N531	539 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SYT2	Q8N9I0	419 aa	Predicted RBP	13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	C3orf58	Q8NDZ4	430 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS33	Q8NF86	280 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	HDAC7	Q8WUI4	952 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PIK3R5	Q8WYR1	880 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	PBXIP1	Q96AQ6	731 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TARS2	Q9BW92	718 aa	Known RBP	13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	C17orf75	Q9HAS0	396 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	APOBEC3C	Q9NRW3	190 aa	Known RBP eCLIP	13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	DAXX	Q9UER7	740 aa	Predicted RBP	13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	LIMD1	Q9UGP4	676 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC195	A0A1B0GUA6	201 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	VWA3A	A6NCI4	1184 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC169	A6NNP5	214 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM189-UBE2V1	I3L0A0	370 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464		K7ERI5	159 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAM12	O43184	909 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	TADA2A	O75478	443 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA31D3	P0C874	917 aa		13.15	□□□□□ -0.3

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