RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409441.5

LIMS1-204, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,627 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-204ENST00000409441 RPS6KA5O75582 802 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 GHRP10912 638 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 FGFR4P22455 802 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 ETF1P62495 437 aaKnown RBP14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 GOLGA8FQ08AF8 430 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 GOLGA8DPQ0D2H9 430 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 GPNMBQ14956 572 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 MAPK6Q16659 721 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 PTPN21Q16825 1174 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 FOXR2Q6PJQ5 311 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 IRF2BP1Q8IU81 584 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 USP38Q8NB14 1042 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 KIAA0895Q8NCT3 520 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 CCDC113Q9H0I3 377 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 AGO3Q9H9G7 860 aaKnown RBP14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 TAB2Q9NYJ8 693 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 TBX20Q9UMR3 447 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 PPP2R2CQ9Y2T4 447 aa14.66□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 LGALS16A8MUM7 142 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 NBNO60934 754 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 PPP1R37O75864 691 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 PRPF6O94906 941 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 PARNO95453 639 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 ABCD1P33897 745 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 STRN3Q13033 797 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 ALCAMQ13740 583 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 MFSD5Q6N075 450 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 STXBP4Q6ZWJ1 553 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 EPM2AIP1Q7L775 607 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 TAS1R3Q7RTX0 852 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 CATSPER4Q7RTX7 472 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 ZNF507Q8TCN5 953 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 SCFD1Q8WVM8 642 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 KCNN1Q92952 543 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 VPS16Q9H269 839 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 PRMT7Q9NVM4 692 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 PADI3Q9ULW8 664 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 ST3GAL5Q9UNP4 418 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 MAPK8IP1Q9UQF2 711 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 USP20Q9Y2K6 914 aa14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 MKI67P46013 3256 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
LIMS1-204ENST00000409441 TRIM49BA6NDI0 452 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 ACKR2O00590 384 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 GPR182O15218 404 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 GYPCP04921 128 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 PRKCBP05771 671 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 CD52P31358 61 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 NCBP1Q09161 790 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 KCNA1Q09470 495 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 NFX1Q12986 1120 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 PCBP1Q15365 356 aaKnown RBP eCLIP14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 FAM187BQ17R55 369 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 TSHZ1Q6ZSZ6 1077 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 FAM228AQ86W67 206 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 DUSP9Q99956 384 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 SRRTQ9BXP5 876 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 PCDH10Q9P2E7 1040 aa14.64□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 EIF3DO15371 548 aaKnown RBP eCLIP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 ERLIN2O94905 339 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 FGFR1OPO95684 399 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 SYN1P17600 705 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 HOXD13P35453 343 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 PMS1P54277 932 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 PAK2Q13177 524 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 PRPF4BQ13523 1007 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 AMHR2Q16671 573 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 CENPPQ6IPU0 288 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 DEFB128Q7Z7B8 93 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 MYOCDQ8IZQ8 938 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 GUF1Q8N442 669 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 TMEM199Q8N511 208 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 CSGALNACT2Q8N6G5 542 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 HVCN1Q96D96 273 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 ACCSQ96QU6 501 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 PDCL3Q9H2J4 239 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 L2HGDHQ9H9P8 463 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 ERVK-5Q9HDB9 667 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 ZMYND8Q9ULU4 1186 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 NR2E3Q9Y5X4 410 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 TTLL13PA6NNM8 815 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 B4GALT5O43286 388 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 TSPAN1O60635 241 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 CSF2RAP15509 400 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 CASP14P31944 242 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 RFC2P35250 354 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 RBM10P98175 930 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 UBXN1Q04323 297 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 HSP90AA2PQ14568 343 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 TRIM65Q6PJ69 517 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 SYT10Q6XYQ8 523 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 TMTC1Q8IUR5 882 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 NELFCDQ8IXH7 590 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 SYCP3Q8IZU3 236 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 ANKRD7Q92527 254 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 BADQ92934 168 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 TARS2Q9BW92 718 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 MRPL4Q9BYD3 311 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 IFIH1Q9BYX4 1025 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 TMEM206Q9H813 350 aa14.63□□□□□ -0.07
LIMS1-204ENST00000409441 MYH11P35749 1972 aa14.62□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.7 ms