RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000449058.6

TOM1-210, Transcript of target of myb1 membrane trafficking protein, human

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene TOM1, Length 2,389 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TOM1-210	ENST00000449058	POU5F1	Q01860	360 aa	Known RBP	18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	TNIP1	Q15025	636 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	TKFC	Q3LXA3	575 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	KCTD16	Q68DU8	428 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	DDX42	Q86XP3	938 aa	Known RBP eCLIP	18.35	■□□□□ 0.53	6e-6	■■■■■ 27.6
TOM1-210	ENST00000449058	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	VTI1A	Q96AJ9	217 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	ACCS	Q96QU6	501 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	AGPAT1	Q99943	283 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	PKD2L1	Q9P0L9	805 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	PLAA	Q9Y263	795 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	EMSY	Q7Z589	1322 aa		18.35	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	TISP43	B9A030	160 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	PLS3	P13797	630 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	VAMP7	P51809	220 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	HADHB	P55084	474 aa	Known RBP	18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	PPP3CA	Q08209	521 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	EPC2	Q52LR7	807 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	DNAJC21	Q5F1R6	531 aa	Known RBP	18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	C1orf220	Q5T0J3	134 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	DCAF12L1	Q5VU92	463 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	PCNX4	Q63HM2	1172 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	MAATS1	Q7Z4T9	603 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	LARGE2	Q8N3Y3	721 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	CCDC26	Q8TAB7	109 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	THAP2	Q9H0W7	228 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	NEUROG2	Q9H2A3	272 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	ST6GALNAC4	Q9H4F1	302 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	AMACR	Q9UHK6	382 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	HSD17B3	P37058	310 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	QARS	P47897	775 aa	Known RBP	18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	MRPS9	P82933	396 aa	Known RBP	18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	UAP1	Q16222	522 aa	Predicted RBP	18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	MAEA	Q7L5Y9	396 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	PRPF38A	Q8NAV1	312 aa	Known RBP	18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	LRRC45	Q96CN5	670 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	ATP6V1G3	Q96LB4	118 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	CARD9	Q9H257	536 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	PCIF1	Q9H4Z3	704 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	COG5	Q9UP83	839 aa		18.34	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058		H0YGN5	161 aa		18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	MAPK13	O15264	365 aa		18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	LRRN2	O75325	713 aa		18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	MCCD1	P59942	119 aa	Predicted RBP	18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	TCEAL1	Q15170	157 aa		18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	MCF2L2	Q86YR7	1114 aa		18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	ARHGEF19	Q8IW93	802 aa		18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	CBWD1	Q9BRT8	395 aa		18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	UBE2T	Q9NPD8	197 aa	Predicted RBP	18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	NFS1	Q9Y697	457 aa		18.33	■□□□□ 0.53
TOM1-210	ENST00000449058	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	HMGB1P1	B2RPK0	211 aa	Predicted RBP	18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	FGG	P02679	453 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	CORO7	P57737	925 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	GTF2B	Q00403	316 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	SPP2	Q13103	211 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	C10orf67	Q8IYJ2	551 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	BCAS4	Q8TDM0	211 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	SLC20A1	Q8WUM9	679 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	RASSF4	Q9H2L5	321 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	USP20	Q9Y2K6	914 aa		18.33	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	PMM2	O15305	246 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	TTI1	O43156	1089 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	CETN1	Q12798	172 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	PDCL	Q13371	301 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	TTC19	Q6DKK2	380 aa	Predicted RBP	18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	RHOT2	Q8IXI1	618 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	TTLL6	Q8N841	843 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	XXYLT1	Q8NBI6	393 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	TMBIM4	Q9HC24	238 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	ZNF277	Q9NRM2	450 aa	Predicted RBP	18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	HSPBP1	Q9NZL4	362 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	WDR46	O15213	610 aa	Known RBP	18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	DAPK3	O43293	454 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	CCT5	P48643	541 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	SNRPF	P62306	86 aa	Known RBP	18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	CEP85L	Q5SZL2	805 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	HAUS6	Q7Z4H7	955 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	PLEKHO2	Q8TD55	490 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	SYTL5	Q8TDW5	730 aa	Predicted RBP	18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	TIPIN	Q9BVW5	301 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	SEPT11	Q9NVA2	429 aa	Known RBP	18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	NR2E1	Q9Y466	385 aa		18.32	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	NR1D1	P20393	614 aa		18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	PTEN	P60484	403 aa		18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	SLC20A2	Q08357	652 aa		18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	MTMR1	Q13613	665 aa		18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	TBC1D22B	Q9NU19	505 aa		18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	MAP3K20	Q9NYL2	800 aa	Known RBP	18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	YWHAB	P31946	246 aa	Known RBP	18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	GCLM	P48507	274 aa		18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	ATP1A2	P50993	1020 aa		18.31	■□□□□ 0.52
TOM1-210	ENST00000449058	PPP2R5E	Q16537	467 aa		18.31	■□□□□ 0.52

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 10.3 ms