RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000574099.1

CCDC40-211, Transcript of coiled-coil domain containing 40, humanhuman

TSL 4

Gene CCDC40, Length 537 nt, Biotype protein coding.

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40-211ENST00000574099 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP28.35■■■□□ 2.13
CCDC40-211ENST00000574099 TNRQ92752 1358 aa28.35■■■□□ 2.13
CCDC40-211ENST00000574099 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP28.34■■■□□ 2.13
CCDC40-211ENST00000574099 KDM5DQ9BY66 1539 aa28.33■■■□□ 2.13
CCDC40-211ENST00000574099 KIF3BO15066 747 aa28.33■■■□□ 2.13
CCDC40-211ENST00000574099 PIP4K2BP78356 416 aa28.32■■■□□ 2.12
CCDC40-211ENST00000574099 PZPP20742 1482 aa28.31■■■□□ 2.12
CCDC40-211ENST00000574099 CPS1P31327 1500 aa28.3■■■□□ 2.12
CCDC40-211ENST00000574099 CEP162Q5TB80 1403 aa28.3■■■□□ 2.12
CCDC40-211ENST00000574099 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP28.29■■■□□ 2.12
CCDC40-211ENST00000574099 CCDC141Q6ZP82 1450 aa28.29■■■□□ 2.12
CCDC40-211ENST00000574099 HSPA1LP34931 641 aa28.29■■■□□ 2.12
CCDC40-211ENST00000574099 SHANK2Q9UPX8 1470 aa28.28■■■□□ 2.12
CCDC40-211ENST00000574099 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa28.27■■■□□ 2.12
CCDC40-211ENST00000574099 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP28.25■■■□□ 2.11
CCDC40-211ENST00000574099 FAM135AQ9P2D6 1515 aa28.25■■■□□ 2.11
CCDC40-211ENST00000574099 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa28.23■■■□□ 2.11
CCDC40-211ENST00000574099 TOM1O60784 492 aa28.23■■■□□ 2.11
CCDC40-211ENST00000574099 VWDEQ8N2E2 1590 aa28.23■■■□□ 2.11
CCDC40-211ENST00000574099 NCOA2Q15596 1464 aa28.22■■■□□ 2.11
CCDC40-211ENST00000574099 UGGT1Q9NYU2 1555 aa28.21■■■□□ 2.11
CCDC40-211ENST00000574099 ANKLE2Q86XL3 938 aa28.2■■■□□ 2.1
CCDC40-211ENST00000574099 MIA2Q96PC5 1412 aa28.18■■■□□ 2.1
CCDC40-211ENST00000574099 NLRP1Q9C000 1473 aa28.18■■■□□ 2.1
CCDC40-211ENST00000574099 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP28.18■■■□□ 2.1
CCDC40-211ENST00000574099 DEPDC5O75140 1603 aa28.17■■■□□ 2.1
CCDC40-211ENST00000574099 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP28.16■■■□□ 2.1
CCDC40-211ENST00000574099 IQGAP1P46940 1657 aa28.16■■■□□ 2.1
CCDC40-211ENST00000574099 ARHGEF5Q12774 1597 aa28.15■■■□□ 2.1
CCDC40-211ENST00000574099 ALKQ9UM73 1620 aa28.14■■■□□ 2.1
CCDC40-211ENST00000574099 MED14O60244 1454 aa28.13■■■□□ 2.09
CCDC40-211ENST00000574099 RSPH4AQ5TD94 716 aa28.11■■■□□ 2.09
CCDC40-211ENST00000574099 STRCP1A6NGW2 1772 aa28.11■■■□□ 2.09
CCDC40-211ENST00000574099 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP28.1■■■□□ 2.09
CCDC40-211ENST00000574099 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP28.1■■■□□ 2.09
CCDC40-211ENST00000574099 ABCC3O15438 1527 aa28.09■■■□□ 2.09
CCDC40-211ENST00000574099 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP28.09■■■□□ 2.09
CCDC40-211ENST00000574099 TSPY4P0CV99 314 aa28.07■■■□□ 2.08
CCDC40-211ENST00000574099 TSPY10P0CW01 314 aa28.07■■■□□ 2.08
CCDC40-211ENST00000574099 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP28.06■■■□□ 2.08
CCDC40-211ENST00000574099 CEP152O94986 1710 aa28.04■■■□□ 2.08
CCDC40-211ENST00000574099 SYNMO15061 1565 aa28.03■■■□□ 2.08
CCDC40-211ENST00000574099 LRRC7Q96NW7 1537 aa28.03■■■□□ 2.08
CCDC40-211ENST00000574099 ERVK-7P63135 1459 aa28.03■■■□□ 2.08
CCDC40-211ENST00000574099 MAST1Q9Y2H9 1570 aa28.02■■■□□ 2.08
CCDC40-211ENST00000574099 MROH1Q8NDA8 1641 aa28.01■■■□□ 2.07
CCDC40-211ENST00000574099 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP28.01■■■□□ 2.07
CCDC40-211ENST00000574099 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP28.01■■■□□ 2.07
CCDC40-211ENST00000574099 UBR1Q8IWV7 1749 aa27.99■■■□□ 2.07
CCDC40-211ENST00000574099 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa27.95■■■□□ 2.07
CCDC40-211ENST00000574099 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP27.93■■■□□ 2.06
CCDC40-211ENST00000574099 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP27.88■■■□□ 2.05
CCDC40-211ENST00000574099 DUOX2Q9NRD8 1548 aa27.87■■■□□ 2.05
CCDC40-211ENST00000574099 VPS8Q8N3P4 1428 aa27.86■■■□□ 2.05
CCDC40-211ENST00000574099 LTKP29376 864 aa27.85■■■□□ 2.05
CCDC40-211ENST00000574099 ARHGAP23Q9P227 1491 aa27.84■■■□□ 2.05
CCDC40-211ENST00000574099 SLIT1O75093 1534 aa27.84■■■□□ 2.05
CCDC40-211ENST00000574099 MYOM3Q5VTT5 1437 aa27.84■■■□□ 2.05
CCDC40-211ENST00000574099 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP27.83■■■□□ 2.05
CCDC40-211ENST00000574099 TXNDC2Q86VQ3 553 aa27.83■■■□□ 2.05
CCDC40-211ENST00000574099 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP27.82■■■□□ 2.04
CCDC40-211ENST00000574099 PIK3C2BO00750 1634 aa27.81■■■□□ 2.04
CCDC40-211ENST00000574099 CROCC2H7BZ55 1655 aa27.8■■■□□ 2.04
CCDC40-211ENST00000574099 KIF15Q9NS87 1388 aa27.79■■■□□ 2.04
CCDC40-211ENST00000574099 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa27.76■■■□□ 2.04
CCDC40-211ENST00000574099 EID1Q9Y6B2 187 aa27.76■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP27.75■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 ERBINQ96RT1 1412 aa27.75■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa27.74■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP27.74■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 MAP3K1Q13233 1512 aa27.73■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 TMEM2Q9UHN6 1383 aa27.72■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 ABCC5O15440 1437 aa27.71■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 STAG3Q9UJ98 1225 aa27.71■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 PTPN23Q9H3S7 1636 aa27.7■■■□□ 2.03
CCDC40-211ENST00000574099 EFCAB6Q5THR3 1501 aa27.69■■■□□ 2.02
CCDC40-211ENST00000574099 TMEM94Q12767 1356 aa27.68■■■□□ 2.02
CCDC40-211ENST00000574099 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa27.67■■■□□ 2.02
CCDC40-211ENST00000574099 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa27.67■■■□□ 2.02
CCDC40-211ENST00000574099 KANK1Q14678 1352 aa27.66■■■□□ 2.02
CCDC40-211ENST00000574099 FAM135BQ49AJ0 1406 aa27.66■■■□□ 2.02
CCDC40-211ENST00000574099 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP27.65■■■□□ 2.02
CCDC40-211ENST00000574099 DAPK1P53355 1430 aa27.65■■■□□ 2.02
CCDC40-211ENST00000574099 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP27.64■■■□□ 2.02
CCDC40-211ENST00000574099 SLC26A8Q96RN1 970 aa27.62■■■□□ 2.01
CCDC40-211ENST00000574099 IDI1Q13907 227 aa27.61■■■□□ 2.01
CCDC40-211ENST00000574099 TET3O43151 1660 aa27.6■■■□□ 2.01
CCDC40-211ENST00000574099 ADGRB3O60242 1522 aa27.59■■■□□ 2.01
CCDC40-211ENST00000574099 LMTK2Q8IWU2 1503 aa27.59■■■□□ 2.01
CCDC40-211ENST00000574099 KCNA6P17658 529 aa27.59■■■□□ 2.01
CCDC40-211ENST00000574099 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP27.59■■■□□ 2.01
CCDC40-211ENST00000574099 POTEAQ6S8J7 498 aa27.58■■■□□ 2.01
CCDC40-211ENST00000574099 CHIC2Q9UKJ5 165 aa27.57■■■□□ 2
CCDC40-211ENST00000574099 NWD1Q149M9 1564 aa27.56■■■□□ 2
CCDC40-211ENST00000574099 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP27.54■■■□□ 2
CCDC40-211ENST00000574099 FGD6Q6ZV73 1430 aa27.54■■■□□ 2
CCDC40-211ENST00000574099 NOS1P29475 1434 aa27.53■■■□□ 2
CCDC40-211ENST00000574099 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa27.53■■■□□ 2
CCDC40-211ENST00000574099 BCANQ96GW7 911 aa27.52■■■□□ 2
CCDC40-211ENST00000574099 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP27.52■■■□□ 2
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.4 ms