RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567271.1

NME3-210, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 752 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-210	ENST00000567271	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	33.1	■■■□□ 2.89
NME3-210	ENST00000567271	ZMYM3	Q14202	1370 aa		33.09	■■■□□ 2.89
NME3-210	ENST00000567271	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		33.08	■■■□□ 2.89
NME3-210	ENST00000567271	MROH2A	A6NES4	1674 aa		33.07	■■■□□ 2.89
NME3-210	ENST00000567271	C3	P01024	1663 aa		33.07	■■■□□ 2.89
NME3-210	ENST00000567271	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	33.07	■■■□□ 2.89
NME3-210	ENST00000567271	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	33.04	■■■□□ 2.88
NME3-210	ENST00000567271	ITGAE	P38570	1179 aa		33.03	■■■□□ 2.88
NME3-210	ENST00000567271	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-210	ENST00000567271	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-210	ENST00000567271	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		33	■■■□□ 2.87
NME3-210	ENST00000567271	ROCK1	Q13464	1354 aa		32.99	■■■□□ 2.87
NME3-210	ENST00000567271	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		32.98	■■■□□ 2.87
NME3-210	ENST00000567271	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		32.97	■■■□□ 2.87
NME3-210	ENST00000567271	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	32.94	■■■□□ 2.86
NME3-210	ENST00000567271	NPAT	Q14207	1427 aa		32.94	■■■□□ 2.86
NME3-210	ENST00000567271	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		32.93	■■■□□ 2.86
NME3-210	ENST00000567271	ABCC3	O15438	1527 aa		32.91	■■■□□ 2.86
NME3-210	ENST00000567271	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		32.9	■■■□□ 2.86
NME3-210	ENST00000567271	DEPDC5	O75140	1603 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-210	ENST00000567271	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	32.89	■■■□□ 2.86
NME3-210	ENST00000567271	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	32.88	■■■□□ 2.85
NME3-210	ENST00000567271	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	32.88	■■■□□ 2.85
NME3-210	ENST00000567271	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME3-210	ENST00000567271	PZP	P20742	1482 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME3-210	ENST00000567271	HSPA2	P54652	639 aa		32.84	■■■□□ 2.85
NME3-210	ENST00000567271	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	32.84	■■■□□ 2.85
NME3-210	ENST00000567271	KANK1	Q14678	1352 aa		32.83	■■■□□ 2.85
NME3-210	ENST00000567271	CEP152	O94986	1710 aa		32.8	■■■□□ 2.84
NME3-210	ENST00000567271	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		32.79	■■■□□ 2.84
NME3-210	ENST00000567271	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		32.77	■■■□□ 2.84
NME3-210	ENST00000567271	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		32.75	■■■□□ 2.83
NME3-210	ENST00000567271	TNR	Q92752	1358 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NME3-210	ENST00000567271	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NME3-210	ENST00000567271	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		32.71	■■■□□ 2.83
NME3-210	ENST00000567271	UNC13B	O14795	1591 aa		32.7	■■■□□ 2.82
NME3-210	ENST00000567271	NAIP	Q13075	1403 aa		32.69	■■■□□ 2.82
NME3-210	ENST00000567271	ERVK-7	P63135	1459 aa		32.67	■■■□□ 2.82
NME3-210	ENST00000567271	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		32.67	■■■□□ 2.82
NME3-210	ENST00000567271	HFM1	A2PYH4	1435 aa		32.65	■■■□□ 2.82
NME3-210	ENST00000567271	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	32.65	■■■□□ 2.82
NME3-210	ENST00000567271	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	32.64	■■■□□ 2.82
NME3-210	ENST00000567271	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		32.63	■■■□□ 2.81
NME3-210	ENST00000567271	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		32.61	■■■□□ 2.81
NME3-210	ENST00000567271	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	32.61	■■■□□ 2.81
NME3-210	ENST00000567271	NUP155	O75694	1391 aa		32.61	■■■□□ 2.81
NME3-210	ENST00000567271	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		32.61	■■■□□ 2.81
NME3-210	ENST00000567271	NLRP1	Q9C000	1473 aa		32.61	■■■□□ 2.81
NME3-210	ENST00000567271	TET3	O43151	1660 aa		32.56	■■■□□ 2.8
NME3-210	ENST00000567271	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		32.56	■■■□□ 2.8
NME3-210	ENST00000567271	STRC	Q7RTU9	1775 aa		32.54	■■■□□ 2.8
NME3-210	ENST00000567271	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	32.54	■■■□□ 2.8
NME3-210	ENST00000567271	NOS1	P29475	1434 aa		32.51	■■■□□ 2.8
NME3-210	ENST00000567271	PLA2R1	Q13018	1463 aa		32.49	■■■□□ 2.79
NME3-210	ENST00000567271	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	32.49	■■■□□ 2.79
NME3-210	ENST00000567271	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		32.49	■■■□□ 2.79
NME3-210	ENST00000567271	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		32.49	■■■□□ 2.79
NME3-210	ENST00000567271	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		32.45	■■■□□ 2.78
NME3-210	ENST00000567271	SYNM	O15061	1565 aa		32.45	■■■□□ 2.78
NME3-210	ENST00000567271		E9PCH4	1651 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME3-210	ENST00000567271	PKD2	Q13563	968 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME3-210	ENST00000567271	IDI1	Q13907	227 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME3-210	ENST00000567271	TRIM52	Q96A61	297 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME3-210	ENST00000567271	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		32.41	■■■□□ 2.78
NME3-210	ENST00000567271	PTPRT	O14522	1441 aa		32.4	■■■□□ 2.78
NME3-210	ENST00000567271	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		32.37	■■■□□ 2.77
NME3-210	ENST00000567271	PIK3C2B	O00750	1634 aa		32.37	■■■□□ 2.77
NME3-210	ENST00000567271	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		32.36	■■■□□ 2.77
NME3-210	ENST00000567271	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		32.35	■■■□□ 2.77
NME3-210	ENST00000567271	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		32.34	■■■□□ 2.77
NME3-210	ENST00000567271	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	32.3	■■■□□ 2.76
NME3-210	ENST00000567271	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	32.29	■■■□□ 2.76
NME3-210	ENST00000567271	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	32.28	■■■□□ 2.76
NME3-210	ENST00000567271	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	32.27	■■■□□ 2.76
NME3-210	ENST00000567271	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NME3-210	ENST00000567271	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NME3-210	ENST00000567271	SLIT1	O75093	1534 aa		32.26	■■■□□ 2.76
NME3-210	ENST00000567271	ADGRB3	O60242	1522 aa		32.26	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		32.25	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		32.25	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	MED14	O60244	1454 aa		32.23	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	LTK	P29376	864 aa		32.22	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		32.22	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	32.21	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		32.21	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		32.21	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	EID1	Q9Y6B2	187 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NME3-210	ENST00000567271	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	32.19	■■■□□ 2.74
NME3-210	ENST00000567271	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME3-210	ENST00000567271	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	32.17	■■■□□ 2.74
NME3-210	ENST00000567271	TRPM2	O94759	1503 aa		32.16	■■■□□ 2.74
NME3-210	ENST00000567271	HRC	P23327	699 aa		32.15	■■■□□ 2.74
NME3-210	ENST00000567271	FOXD1	Q16676	465 aa		32.13	■■■□□ 2.73
NME3-210	ENST00000567271	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-210	ENST00000567271	IQGAP1	P46940	1657 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-210	ENST00000567271	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	32.1	■■■□□ 2.73
NME3-210	ENST00000567271	ZFYVE9	O95405	1425 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME3-210	ENST00000567271	CLTCL1	P53675	1640 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME3-210	ENST00000567271	CERK	Q8TCT0	537 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-210	ENST00000567271	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		32.08	■■■□□ 2.73

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