RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000560514.1

TSPAN3-208, Transcript of tetraspanin 3, human

TSL 2

Gene TSPAN3, Length 638 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TSPAN3-208	ENST00000560514	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		28.79	■■■□□ 2.2
TSPAN3-208	ENST00000560514	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	28.79	■■■□□ 2.2
TSPAN3-208	ENST00000560514	KIF3B	O15066	747 aa		28.78	■■■□□ 2.2
TSPAN3-208	ENST00000560514	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	28.78	■■■□□ 2.2
TSPAN3-208	ENST00000560514	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		28.78	■■■□□ 2.2
TSPAN3-208	ENST00000560514	TIAM1	Q13009	1591 aa		28.77	■■■□□ 2.2
TSPAN3-208	ENST00000560514	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		28.77	■■■□□ 2.2
TSPAN3-208	ENST00000560514	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	28.76	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	MBD5	Q9P267	1494 aa		28.76	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		28.74	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		28.74	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		28.73	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	PZP	P20742	1482 aa		28.73	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	28.73	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		28.73	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	28.72	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		28.71	■■■□□ 2.19
TSPAN3-208	ENST00000560514	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	28.7	■■■□□ 2.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		28.67	■■■□□ 2.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		28.66	■■■□□ 2.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	CEP162	Q5TB80	1403 aa		28.66	■■■□□ 2.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		28.66	■■■□□ 2.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	NLRP1	Q9C000	1473 aa		28.66	■■■□□ 2.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	MIA2	Q96PC5	1412 aa		28.65	■■■□□ 2.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	28.64	■■■□□ 2.18
TSPAN3-208	ENST00000560514	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		28.62	■■■□□ 2.17
TSPAN3-208	ENST00000560514	DEPDC5	O75140	1603 aa		28.61	■■■□□ 2.17
TSPAN3-208	ENST00000560514	MED14	O60244	1454 aa		28.59	■■■□□ 2.17
TSPAN3-208	ENST00000560514	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		28.59	■■■□□ 2.17
TSPAN3-208	ENST00000560514	TSPY4	P0CV99	314 aa		28.59	■■■□□ 2.17
TSPAN3-208	ENST00000560514	TSPY10	P0CW01	314 aa		28.59	■■■□□ 2.17
TSPAN3-208	ENST00000560514	IQGAP1	P46940	1657 aa		28.58	■■■□□ 2.17
TSPAN3-208	ENST00000560514	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	28.56	■■■□□ 2.16
TSPAN3-208	ENST00000560514	NCOA2	Q15596	1464 aa		28.53	■■■□□ 2.16
TSPAN3-208	ENST00000560514	ALK	Q9UM73	1620 aa		28.5	■■■□□ 2.15
TSPAN3-208	ENST00000560514	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		28.49	■■■□□ 2.15
TSPAN3-208	ENST00000560514	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	28.48	■■■□□ 2.15
TSPAN3-208	ENST00000560514	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	28.47	■■■□□ 2.15
TSPAN3-208	ENST00000560514	SYNM	O15061	1565 aa		28.47	■■■□□ 2.15
TSPAN3-208	ENST00000560514	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		28.47	■■■□□ 2.15
TSPAN3-208	ENST00000560514	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		28.45	■■■□□ 2.15
TSPAN3-208	ENST00000560514	ABCC3	O15438	1527 aa		28.43	■■■□□ 2.14
TSPAN3-208	ENST00000560514	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	28.41	■■■□□ 2.14
TSPAN3-208	ENST00000560514	ERVK-7	P63135	1459 aa		28.41	■■■□□ 2.14
TSPAN3-208	ENST00000560514	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	28.38	■■■□□ 2.13
TSPAN3-208	ENST00000560514	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	28.36	■■■□□ 2.13
TSPAN3-208	ENST00000560514	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		28.36	■■■□□ 2.13
TSPAN3-208	ENST00000560514	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		28.35	■■■□□ 2.13
TSPAN3-208	ENST00000560514	CEP152	O94986	1710 aa		28.35	■■■□□ 2.13
TSPAN3-208	ENST00000560514	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		28.34	■■■□□ 2.13
TSPAN3-208	ENST00000560514	EID1	Q9Y6B2	187 aa		28.32	■■■□□ 2.12
TSPAN3-208	ENST00000560514	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		28.28	■■■□□ 2.12
TSPAN3-208	ENST00000560514	LTK	P29376	864 aa		28.27	■■■□□ 2.12
TSPAN3-208	ENST00000560514	SLIT1	O75093	1534 aa		28.26	■■■□□ 2.11
TSPAN3-208	ENST00000560514	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		28.25	■■■□□ 2.11
TSPAN3-208	ENST00000560514	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		28.25	■■■□□ 2.11
TSPAN3-208	ENST00000560514	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		28.25	■■■□□ 2.11
TSPAN3-208	ENST00000560514	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		28.24	■■■□□ 2.11
TSPAN3-208	ENST00000560514	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	28.23	■■■□□ 2.11
TSPAN3-208	ENST00000560514	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	28.22	■■■□□ 2.11
TSPAN3-208	ENST00000560514	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		28.2	■■■□□ 2.11
TSPAN3-208	ENST00000560514	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		28.19	■■■□□ 2.1
TSPAN3-208	ENST00000560514	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		28.18	■■■□□ 2.1
TSPAN3-208	ENST00000560514	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	28.18	■■■□□ 2.1
TSPAN3-208	ENST00000560514	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	28.16	■■■□□ 2.1
TSPAN3-208	ENST00000560514	PIK3C2B	O00750	1634 aa		28.15	■■■□□ 2.1
TSPAN3-208	ENST00000560514	KIF15	Q9NS87	1388 aa		28.15	■■■□□ 2.1
TSPAN3-208	ENST00000560514	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		28.15	■■■□□ 2.1
TSPAN3-208	ENST00000560514	KANK1	Q14678	1352 aa		28.14	■■■□□ 2.1
TSPAN3-208	ENST00000560514	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		28.14	■■■□□ 2.1
TSPAN3-208	ENST00000560514	TMEM94	Q12767	1356 aa		28.13	■■■□□ 2.09
TSPAN3-208	ENST00000560514	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		28.13	■■■□□ 2.09
TSPAN3-208	ENST00000560514	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		28.12	■■■□□ 2.09
TSPAN3-208	ENST00000560514	KCNA6	P17658	529 aa		28.11	■■■□□ 2.09
TSPAN3-208	ENST00000560514	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	28.11	■■■□□ 2.09
TSPAN3-208	ENST00000560514	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		28.09	■■■□□ 2.09
TSPAN3-208	ENST00000560514	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	28.09	■■■□□ 2.09
TSPAN3-208	ENST00000560514	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		28.09	■■■□□ 2.09
TSPAN3-208	ENST00000560514	POTEA	Q6S8J7	498 aa		28.08	■■■□□ 2.09
TSPAN3-208	ENST00000560514	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	28.07	■■■□□ 2.08
TSPAN3-208	ENST00000560514	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		28.06	■■■□□ 2.08
TSPAN3-208	ENST00000560514	MAP3K1	Q13233	1512 aa		28.06	■■■□□ 2.08
TSPAN3-208	ENST00000560514	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		28.06	■■■□□ 2.08
TSPAN3-208	ENST00000560514	BCAN	Q96GW7	911 aa		28.05	■■■□□ 2.08
TSPAN3-208	ENST00000560514	IDI1	Q13907	227 aa		28.04	■■■□□ 2.08
TSPAN3-208	ENST00000560514	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	28.03	■■■□□ 2.08
TSPAN3-208	ENST00000560514	ABCC5	O15440	1437 aa		28.02	■■■□□ 2.08
TSPAN3-208	ENST00000560514	MSH6	P52701	1360 aa		28.01	■■■□□ 2.07
TSPAN3-208	ENST00000560514	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		27.99	■■■□□ 2.07
TSPAN3-208	ENST00000560514	TET3	O43151	1660 aa		27.98	■■■□□ 2.07
TSPAN3-208	ENST00000560514	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	27.98	■■■□□ 2.07
TSPAN3-208	ENST00000560514	PHLPP1	O60346	1717 aa		27.96	■■■□□ 2.07
TSPAN3-208	ENST00000560514	DAPK1	P53355	1430 aa		27.96	■■■□□ 2.07
TSPAN3-208	ENST00000560514	APLP2	Q06481	763 aa		27.95	■■■□□ 2.06
TSPAN3-208	ENST00000560514	SLAIN2	Q9P270	581 aa		27.95	■■■□□ 2.06
TSPAN3-208	ENST00000560514	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		27.95	■■■□□ 2.06
TSPAN3-208	ENST00000560514	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		27.95	■■■□□ 2.06
TSPAN3-208	ENST00000560514	ADGRB3	O60242	1522 aa		27.94	■■■□□ 2.06
TSPAN3-208	ENST00000560514	JCAD	Q9P266	1359 aa		27.94	■■■□□ 2.06
TSPAN3-208	ENST00000560514	NWD1	Q149M9	1564 aa		27.94	■■■□□ 2.06

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