RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa44.55■■■■■ 4.72
LIMCH1-211ENST00000509638 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP44.52■■■■■ 4.72
LIMCH1-211ENST00000509638 MADDQ8WXG6 1647 aa44.52■■■■■ 4.72
LIMCH1-211ENST00000509638 UNC13BO14795 1591 aa44.5■■■■■ 4.71
LIMCH1-211ENST00000509638 GGT6Q6P531 493 aa44.48■■■■■ 4.71
LIMCH1-211ENST00000509638 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP44.42■■■■■ 4.7
LIMCH1-211ENST00000509638 SETD5Q9C0A6 1442 aa44.41■■■■■ 4.7
LIMCH1-211ENST00000509638 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP44.41■■■■■ 4.7
LIMCH1-211ENST00000509638 KDM5DQ9BY66 1539 aa44.41■■■■■ 4.7
LIMCH1-211ENST00000509638 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP44.4■■■■■ 4.7
LIMCH1-211ENST00000509638 FAM135AQ9P2D6 1515 aa44.4■■■■■ 4.7
LIMCH1-211ENST00000509638 CEP152O94986 1710 aa44.39■■■■■ 4.7
LIMCH1-211ENST00000509638 VWDEQ8N2E2 1590 aa44.35■■■■■ 4.69
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCC3O15438 1527 aa44.34■■■■■ 4.69
LIMCH1-211ENST00000509638 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP44.33■■■■■ 4.69
LIMCH1-211ENST00000509638 MROH2AA6NES4 1674 aa44.32■■■■■ 4.69
LIMCH1-211ENST00000509638 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa44.31■■■■■ 4.68
LIMCH1-211ENST00000509638 IQGAP3Q86VI3 1631 aa44.3■■■■■ 4.68
LIMCH1-211ENST00000509638 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa44.3■■■■■ 4.68
LIMCH1-211ENST00000509638 KANK1Q14678 1352 aa44.3■■■■■ 4.68
LIMCH1-211ENST00000509638 CNTLNQ9NXG0 1405 aa44.29■■■■■ 4.68
LIMCH1-211ENST00000509638 PPP6R1Q9UPN7 881 aa44.29■■■■■ 4.68
LIMCH1-211ENST00000509638 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP44.27■■■■■ 4.68
LIMCH1-211ENST00000509638 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa44.26■■■■■ 4.68
LIMCH1-211ENST00000509638 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa44.26■■■■■ 4.68
LIMCH1-211ENST00000509638 LMTK2Q8IWU2 1503 aa44.22■■■■■ 4.67
LIMCH1-211ENST00000509638 NUP155O75694 1391 aa44.21■■■■■ 4.67
LIMCH1-211ENST00000509638 C3P01024 1663 aa44.21■■■■■ 4.67
LIMCH1-211ENST00000509638 TET3O43151 1660 aa44.19■■■■■ 4.66
LIMCH1-211ENST00000509638 PTPRMP28827 1452 aa44.18■■■■■ 4.66
LIMCH1-211ENST00000509638 PCGF6Q9BYE7 350 aa44.17■■■■■ 4.66
LIMCH1-211ENST00000509638 EFCAB6Q5THR3 1501 aa44.16■■■■■ 4.66
LIMCH1-211ENST00000509638 TRIM52Q96A61 297 aa44.13■■■■■ 4.65
LIMCH1-211ENST00000509638 ZMYM3Q14202 1370 aa44.1■■■■■ 4.65
LIMCH1-211ENST00000509638 PZPP20742 1482 aa44.09■■■■■ 4.65
LIMCH1-211ENST00000509638 E9PCH4 1651 aa44.05■■■■■ 4.64
LIMCH1-211ENST00000509638 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP44.04■■■■■ 4.64
LIMCH1-211ENST00000509638 HRCP23327 699 aa44.03■■■■■ 4.64
LIMCH1-211ENST00000509638 NPATQ14207 1427 aa44.02■■■■■ 4.64
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa44.02■■■■■ 4.64
LIMCH1-211ENST00000509638 PLPPR3Q6T4P5 718 aa44.02■■■■■ 4.64
LIMCH1-211ENST00000509638 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP44.01■■■■■ 4.64
LIMCH1-211ENST00000509638 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP44■■■■■ 4.63
LIMCH1-211ENST00000509638 PREX1Q8TCU6 1659 aa43.98■■■■■ 4.63
LIMCH1-211ENST00000509638 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP43.96■■■■■ 4.63
LIMCH1-211ENST00000509638 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP43.92■■■■■ 4.62
LIMCH1-211ENST00000509638 ERVK-7P63135 1459 aa43.92■■■■■ 4.62
LIMCH1-211ENST00000509638 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa43.91■■■■■ 4.62
LIMCH1-211ENST00000509638 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP43.86■■■■■ 4.61
LIMCH1-211ENST00000509638 SPHKAPQ2M3C7 1700 aa43.85■■■■■ 4.61
LIMCH1-211ENST00000509638 MPHOSPH9Q99550 1183 aa43.85■■■■■ 4.61
LIMCH1-211ENST00000509638 PKD2Q13563 968 aa43.83■■■■■ 4.61
LIMCH1-211ENST00000509638 SYNMO15061 1565 aa43.81■■■■■ 4.6
LIMCH1-211ENST00000509638 MYO3AQ8NEV4 1616 aa43.81■■■■■ 4.6
LIMCH1-211ENST00000509638 NOS1P29475 1434 aa43.78■■■■■ 4.6
LIMCH1-211ENST00000509638 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP43.78■■■■■ 4.6
LIMCH1-211ENST00000509638 TNRQ92752 1358 aa43.78■■■■■ 4.6
LIMCH1-211ENST00000509638 FOXD1Q16676 465 aa43.71■■■■■ 4.59
LIMCH1-211ENST00000509638 TRPM2O94759 1503 aa43.71■■■■■ 4.59
LIMCH1-211ENST00000509638 PTPRTO14522 1441 aa43.69■■■■■ 4.58
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP43.68■■■■■ 4.58
LIMCH1-211ENST00000509638 UGGT1Q9NYU2 1555 aa43.67■■■■■ 4.58
LIMCH1-211ENST00000509638 PIK3C2BO00750 1634 aa43.67■■■■■ 4.58
LIMCH1-211ENST00000509638 PLA2R1Q13018 1463 aa43.64■■■■■ 4.58
LIMCH1-211ENST00000509638 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa43.64■■■■■ 4.58
LIMCH1-211ENST00000509638 NLRP1Q9C000 1473 aa43.64■■■■■ 4.58
LIMCH1-211ENST00000509638 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP43.63■■■■■ 4.58
LIMCH1-211ENST00000509638 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP43.61■■■■■ 4.57
LIMCH1-211ENST00000509638 CLTCL1P53675 1640 aa43.6■■■■■ 4.57
LIMCH1-211ENST00000509638 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP43.58■■■■■ 4.57
LIMCH1-211ENST00000509638 A2ML1A8K2U0 1454 aa43.56■■■■■ 4.56
LIMCH1-211ENST00000509638 LMTK3Q96Q04 1460 aa43.55■■■■■ 4.56
LIMCH1-211ENST00000509638 UBR1Q8IWV7 1749 aa43.52■■■■■ 4.56
LIMCH1-211ENST00000509638 SLC52A1Q9NWF4 448 aa43.5■■■■■ 4.55
LIMCH1-211ENST00000509638 ADGRB3O60242 1522 aa43.5■■■■■ 4.55
LIMCH1-211ENST00000509638 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP43.49■■■■■ 4.55
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa43.49■■■■■ 4.55
LIMCH1-211ENST00000509638 IDI1Q13907 227 aa43.48■■■■■ 4.55
LIMCH1-211ENST00000509638 MYO5BQ9ULV0 1848 aa43.47■■■■■ 4.55
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC144AA2RUR9 1427 aa43.47■■■■■ 4.55
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF1BO60333 1816 aa43.46■■■■■ 4.55
LIMCH1-211ENST00000509638 TMEM131LA2VDJ0 1609 aa43.44■■■■■ 4.54
LIMCH1-211ENST00000509638 STAG3Q9UJ98 1225 aa43.33■■■■■ 4.53
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LIMCH1-211ENST00000509638 HSPA2P54652 639 aa43.28■■■■■ 4.52
LIMCH1-211ENST00000509638 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP43.24■■■■■ 4.51
LIMCH1-211ENST00000509638 NEURL4Q96JN8 1562 aa43.23■■■■■ 4.51
LIMCH1-211ENST00000509638 SLIT1O75093 1534 aa43.23■■■■■ 4.51
LIMCH1-211ENST00000509638 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa43.23■■■■■ 4.51
LIMCH1-211ENST00000509638 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP43.21■■■■■ 4.51
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGAP23Q9P227 1491 aa43.2■■■■■ 4.51
LIMCH1-211ENST00000509638 TMEM2Q9UHN6 1383 aa43.18■■■■■ 4.5
LIMCH1-211ENST00000509638 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP43.15■■■■■ 4.5
LIMCH1-211ENST00000509638 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa43.13■■■■■ 4.5
LIMCH1-211ENST00000509638 ZFYVE9O95405 1425 aa43.13■■■■■ 4.5
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP43.12■■■■■ 4.49
LIMCH1-211ENST00000509638 PPLO60437 1756 aa43.12■■■■■ 4.49
LIMCH1-211ENST00000509638 STRCQ7RTU9 1775 aa43.12■■■■■ 4.49
LIMCH1-211ENST00000509638 IFT172Q9UG01 1749 aa43.12■■■■■ 4.49
LIMCH1-211ENST00000509638 RIMS2Q9UQ26 1411 aa43.12■■■■■ 4.49
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