RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D8B	Q0IIM8	1120 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	MTERF2	Q49AM1	385 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ADGRD2	Q7Z7M1	963 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	POTED	Q86YR6	584 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM178B	Q8IXR5	827 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF710	Q8N1W2	664 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	SEPT9	Q9UHD8	586 aa	Predicted RBP	13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	LRFN2	Q9ULH4	789 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHB7	Q9Y5E2	793 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	ATG2A	Q2TAZ0	1938 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPRF-211	ENST00000467464	BDP1	A6H8Y1	2624 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	NLRC5	Q86WI3	1866 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TBKBP1	A7MCY6	615 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	WNT7A	O00755	349 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TBX3	O15119	743 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	JAK2	O60674	1132 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TBX10	O75333	385 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	MAF	O75444	373 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TMOD1	P28289	359 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMC5	P62195	406 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PLA2G4F	Q68DD2	849 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PTCRA	Q6ISU1	281 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF598	Q86UK7	904 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ECHDC2	Q86YB7	292 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CASD1	Q96PB1	797 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TYW1	Q9NV66	732 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHGC5	Q9Y5F6	944 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	KAT6A	Q92794	2004 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01565	O15544	149 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CCNT1	O60563	726 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CSDE1	O75534	798 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CSPG5	O95196	566 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	XBP1	P17861	261 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	IBSP	P21815	317 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	NPEPPS	P55786	919 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CLLU1OS	Q5K130	101 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC55	Q6ZSA7	311 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	COLGALT1	Q8NBJ5	622 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	POF1B	Q8WVV4	589 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	EPHX3	Q9H6B9	360 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP6V0A4	Q9HBG4	840 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CLDND1	Q9NY35	253 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA1671	Q9BY89	1806 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0U1RQF3	1178 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	P4HB	P07237	508 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT2	P35908	639 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	QARS	P47897	775 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	NEK4	P51957	841 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAM15	Q13444	863 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PUS10	Q3MIT2	529 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	NLRP7	Q8WX94	980 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	WASF1	Q92558	559 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM117	Q9H0C3	514 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	DHX33	Q9H6R0	707 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	C11orf16	Q9NQ32	467 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	RGL1	Q9NZL6	768 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087WZ62	844 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	BTBD18	B2RXH4	712 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	FSCN2	O14926	492 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB39	O15060	712 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	NCK2	O43639	380 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	FGF18	O76093	207 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	GLP2R	O95838	553 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	EPHA7	Q15375	998 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF410	Q86VK4	478 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	KSR1	Q8IVT5	923 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	C4orf19	Q8IY42	314 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	MSLNL	Q96KJ4	702 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF2C	Q99661	725 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	NAP1L4	Q99733	375 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	LXN	Q9BS40	222 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAIP	Q9BWF2	469 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	IFT122	Q9HBG6	1241 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF216	Q9NWF9	866 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CLEC1B	Q9P126	229 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	SUCLA2	Q9P2R7	463 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TCF20	Q9UGU0	1960 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	C19orf67	A6NJJ6	358 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	MBTPS2	O43462	519 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	LAG3	P18627	525 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PBX3	P40426	434 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PLCB3	Q01970	1234 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE3A	Q05086	875 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ZP2	Q05996	745 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	RHPN2	Q8IUC4	686 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	EFHB	Q8N7U6	833 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	VN1R2	Q8NFZ6	395 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	DYDC2	Q96IM9	177 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	SCLT1	Q96NL6	688 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	GCOM2	Q9BZD3	368 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PPME1	Q9Y570	386 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHB12	Q9Y5F1	795 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	MEIS3P2	A8K0S8	358 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PI4K2B	G5E9Z4	385 aa		13.4	□□□□□ -0.26

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