RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRC1	Q9BTT6	524 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	RUSC1	Q9BVN2	902 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	IFIH1	Q9BYX4	1025 aa	Known RBP	9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	TXLNGY	Q9BZA5	131 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	NCAN	O14594	1321 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0A6YYK5	440 aa	Predicted RBP	9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912		H0YGN5	161 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	SLITRK3	O94933	977 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	RHOXF2B	P0C7M4	288 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	C1orf220	Q5T0J3	134 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	CD302	Q8IX05	232 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	IQCK	Q8N0W5	287 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	DAW1	Q8N136	415 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	RHOXF2	Q9BQY4	288 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	TAF1D	Q9H5J8	278 aa	Predicted RBP	9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	ZSWIM4	Q9H7M6	989 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	KIAA1024	Q9UPX6	916 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	NFS1	Q9Y697	457 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE4B	O95155	1302 aa		9.65	□□□□□ -0.86
SYNE1-215	ENST00000460912		F5H6K3	240 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MTIF2	P46199	727 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	HSD17B4	P51659	736 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KLRC3	Q07444	240 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	C2orf54	Q08AI8	447 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TAF3	Q5VWG9	929 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TSEN2	Q8NCE0	465 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	REPS2	Q8NFH8	660 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SELENOO	Q9BVL4	669 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RAB34	Q9BZG1	259 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM207A	Q9NSI2	230 aa	Predicted RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TTC7A	Q9ULT0	858 aa	Predicted RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	DHX15	O43143	795 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KLRC1	P26715	233 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CKAP4	Q07065	602 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC20A2	Q08357	652 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KNOP1	Q1ED39	458 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GLE1	Q53GS7	698 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC9A9	Q8IVB4	645 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KLRG1	Q96E93	195 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PACSIN1	Q9BY11	444 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TMX2	Q9Y320	296 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PMM2	O15305	246 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	EYA4	O95677	639 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FGFR1OP	O95684	399 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TAL1	P17542	331 aa	Predicted RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TNNI2	P48788	182 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	HADHB	P55084	474 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRC31	Q6UY01	552 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GPATCH11	Q8N954	259 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	EHD2	Q9NZN4	543 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF181	Q9P0P0	153 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF14	Q9UBS8	474 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FAN1	Q9Y2M0	1017 aa		9.64	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RSPH10B2	B2RC85	870 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RSPH10B	P0C881	870 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PPAT	Q06203	517 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNA1	Q09470	495 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF568	Q3ZCX4	644 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SLFN13	Q68D06	897 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RINT1	Q6NUQ1	792 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RRAGA	Q7L523	313 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TUFT1	Q9NNX1	390 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RBM12	Q9NTZ6	932 aa	Known RBP	9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNHIT6	Q9NWK9	470 aa	Known RBP	9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	STK24	Q9Y6E0	443 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TCP1	P17987	556 aa	Known RBP	9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP2B2	Q01814	1243 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RASA3	Q14644	834 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FKBP15	Q5T1M5	1219 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	INTU	Q9ULD6	942 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM196B	A6NMK8	535 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	NCK2	O43639	380 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GLI1	P08151	1106 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	UCHL3	P15374	230 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	NPEPPS	P55786	919 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SKOR1	P84550	965 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PTK2	Q05397	1052 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNH2	Q12809	1159 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CERKL	Q49MI3	558 aa	Predicted RBP	9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SYDE2	Q5VT97	1194 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GPBP1	Q86WP2	473 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ACTRT1	Q8TDG2	376 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC42	Q96M95	316 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TYW1	Q9NV66	732 aa	Known RBP	9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ZBTB21	Q9ULJ3	1066 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PRR12	Q9ULL5	1215 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	HYOU1	Q9Y4L1	999 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SNCAIP	Q9Y6H5	919 aa		9.63	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FOS	P01100	380 aa	Predicted RBP	9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF5A	Q12840	1032 aa		9.62	□□□□□ -0.87

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