RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	POLE2	P56282	527 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	CROCCP2	Q86T23	111 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	MCUR1	Q96AQ8	359 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	ADAM33	Q9BZ11	813 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	PSTPIP2	Q9H939	334 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	BARHL2	Q9NY43	387 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	CHORDC1	Q9UHD1	332 aa	Predicted RBP	11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	UST	Q9Y2C2	406 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	ERF	P50548	548 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	EVX2	Q03828	476 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	ANKRD20A8P	Q5CZ79	823 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	C6orf118	Q5T5N4	469 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	HHAT	Q5VTY9	493 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	TPH2	Q8IWU9	490 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	VPS52	Q8N1B4	723 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	C7orf25	Q9BPX7	421 aa		11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	11.97	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	PVALEF	A0A1B0GWK0	134 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	POTEB3	A0JP26	581 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	POTEC	B2RU33	542 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	ANP32D	O95626	131 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	PLCG2	P16885	1265 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	POTEB	Q6S5H4	581 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	TRPM8	Q7Z2W7	1104 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	DGKH	Q86XP1	1220 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	IQCK	Q8N0W5	287 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	KIAA0895	Q8NCT3	520 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	RUBCN	Q92622	972 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	FGFR1OP2	Q9NVK5	253 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	SALL4	Q9UJQ4	1053 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	KRT5	P13647	590 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF844	Q08AG5	666 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	SLC29A2	Q14542	456 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF746	Q6NUN9	644 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	RAD54L	Q92698	747 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	SDAD1	Q9NVU7	687 aa	Known RBP eCLIP	11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	PARP2	Q9UGN5	583 aa		11.96	□□□□□ -0.49
CLN3-244	ENST00000636147	QPCT	Q16769	361 aa		11.96	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SRRM1	Q8IYB3	904 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GLIS3	Q8NEA6	775 aa		11.96	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TACC3	Q9Y6A5	838 aa		11.96	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GRIN2D	O15399	1336 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FER	P16591	822 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	MIEF2	Q96C03	454 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	VPS37B	Q9H9H4	285 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	INTU	Q9ULD6	942 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	WDR91	A4D1P6	747 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	BYSL	Q13895	437 aa	Known RBP	11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PPP2R5E	Q16537	467 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	LRIG3	Q6UXM1	1119 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	KIF9	Q9HAQ2	790 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	IKBKG	Q9Y6K9	419 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DIP2A	Q14689	1571 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	IGF2BP3	O00425	579 aa	Known RBP eCLIP	11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	IFNB1	P01574	187 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ADCY2	Q08462	1091 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GJB7	Q6PEY0	223 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC174	Q6PII3	467 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	NSMF	Q6X4W1	530 aa		11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RAB3IP	Q96QF0	476 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PASK	Q96RG2	1323 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP17L5	A8MUK1	530 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DDX39A	O00148	427 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	KCNJ1	P48048	391 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP11	P51784	963 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GALC	P54803	685 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ITGB3BP	Q13352	177 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TMED2	Q15363	201 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	LONRF1	Q17RB8	773 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PREPL	Q4J6C6	727 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FIGN	Q5HY92	759 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	C6orf163	Q5TEZ5	329 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FAM186B	Q8IYM0	893 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PPM1K	Q8N3J5	372 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PITPNM3	Q9BZ71	974 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DIP2B	Q9P265	1576 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RIMBP2	O15034	1052 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GAS8	O95995	478 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	BRAF	P15056	766 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	STAT3	P40763	770 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PSMD2	Q13200	908 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ERFE	Q4G0M1	354 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	HP1BP3	Q5SSJ5	553 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	KCTD1	Q719H9	257 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SH3RF3	Q8TEJ3	882 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	KLRC4	O43908	158 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	UCHL3	P15374	230 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	LMNB1	P20700	586 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CRYM	Q14894	314 aa		11.94	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	MIIP	Q5JXC2	388 aa		11.94	□□□□□ -0.5

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