RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476519.1

SYNE1-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-223	ENST00000476519	TGS1	Q96RS0	853 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	RIT2	Q99578	217 aa		13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	OSBPL7	Q9BZF2	842 aa		13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	SLK	Q9H2G2	1235 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	CERS4	Q9HA82	394 aa		13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	LMCD1	Q9NZU5	365 aa		13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	MAFB	Q9Y5Q3	323 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	MTCH2	Q9Y6C9	303 aa		13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	SPTBN5	Q9NRC6	3674 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	SCN5A	Q14524	2016 aa		13.67	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	CYP3A7-CYP3A51P	A0A087WV96	503 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	LOC101059915	A0A1B0GWI6	518 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	LINC01553	A4QN01	128 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519		M0QZ92	97 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	RFXAP	O00287	272 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	EDIL3	O43854	480 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	PSAP	P07602	524 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	GHR	P10912	638 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	CYP3A7	P24462	503 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	STK3	Q13188	491 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	CCDC85B	Q15834	202 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	FBXO47	Q5MNV8	452 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM117B	Q6P1L5	589 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	MTHFD1L	Q6UB35	978 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	BLID	Q8IZY5	108 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	SP7	Q8TDD2	431 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	COL25A1	Q9BXS0	654 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM49A	Q9H0Q0	323 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	TPCN1	Q9ULQ1	816 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	CDY2A	Q9Y6F7	541 aa		13.66	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	EPOP	A6NHQ4	379 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	WDR64	B1ANS9	1081 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519		M0R2N6	131 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	ENPP3	O14638	875 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	MSH4	O15457	936 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	XBP1	P17861	261 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	KLRC1	P26715	233 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	SCRN1	Q12765	414 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519		Q4G0T1	1027 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	MOXD1	Q6UVY6	613 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	TSHZ1	Q6ZSZ6	1077 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	CCDC60	Q8IWA6	550 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	TBCK	Q8TEA7	893 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	SLC5A5	Q92911	643 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	SAMD11	Q96NU1	681 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	YME1L1	Q96TA2	773 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	FTHL17	Q9BXU8	183 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	CELF4	Q9BZC1	486 aa	Known RBP	13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	SUGCT	Q9HAC7	445 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	CEP131	Q9UPN4	1083 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	COL1A2	P08123	1366 aa		13.65	□□□□□ -0.22
SYNE1-223	ENST00000476519	KDM3A	Q9Y4C1	1321 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TANC1	Q9C0D5	1861 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	LPXN	O60711	386 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ATP4A	P20648	1035 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	SFN	P31947	248 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	GRB10	Q13322	594 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TJAP1	Q5JTD0	557 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	CKAP2L	Q8IYA6	745 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF710	Q8N1W2	664 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	RDM1	Q8NG50	284 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TRAPPC12	Q8WVT3	735 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM167A	Q96KS9	214 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	UIMC1	Q96RL1	719 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	DISC1	Q9NRI5	854 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NRBP2	Q9NSY0	501 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	THEG	Q9P2T0	379 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	SAMM50	Q9Y512	469 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TRPV2	Q9Y5S1	764 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	STK36	Q9NRP7	1315 aa		13.64	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ZBTB42	B2RXF5	422 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	MAGEB2	O15479	319 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	GAS7	O60861	476 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	UPP2	O95045	317 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	MRPS5	P82675	430 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NPY5R	Q15761	445 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	KRT25	Q7Z3Z0	450 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	WASF1	Q92558	559 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	MBOAT7	Q96N66	472 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ASB2	Q96Q27	587 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	AGO3	Q9H9G7	860 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	PRDM6	Q9NQX0	595 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	GABBR1	Q9UBS5	961 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	IGSF9B	Q9UPX0	1349 aa		13.63	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	CD52	P31358	61 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	JAK3	P52333	1124 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	AK2	P54819	239 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	NONO	Q15233	471 aa	Known RBP eCLIP	13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	AAK1	Q2M2I8	961 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	ODR4	Q5SWX8	454 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	LRCH2	Q5VUJ6	765 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	MICALL1	Q8N3F8	863 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	AIFM3	Q96NN9	605 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	TEKT3	Q9BXF9	490 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	PADI3	Q9ULW8	664 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SYNE1-223	ENST00000476519	COG5	Q9UP83	839 aa		13.62	□□□□□ -0.23

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 41.3 ms