RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563874.5

CLN3-210, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 3,081 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-210ENST00000563874 NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 232 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 COASYQ13057 564 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 CASKIN2Q8WXE0 1202 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 RNPC3Q96LT9 517 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 SSU72P8A0A1W2PR75 194 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 MARCH6O60337 910 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 EPB41P11171 864 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 FXR2P51116 673 aaKnown RBP eCLIP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 PTF1AQ7RTS3 328 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 TEX11Q8IYF3 940 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 CENPHQ9H3R5 247 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 GPCPD1Q9NPB8 672 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 FKBP3Q00688 224 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 RNF10Q8N5U6 811 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 ZHX3Q9H4I2 956 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 GDF3Q9NR23 364 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 CEP72Q9P209 647 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 SNED1Q8TER0 1413 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 SERPING1P05155 500 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 TM4SF1P30408 202 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 ADCY7P51828 1080 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 IQCKQ8N0W5 287 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 NEDD1Q8NHV4 660 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 RUBCNQ92622 972 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 RTFDC1Q9BY42 306 aaPredicted RBP14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 FAM107BQ9H098 131 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 PANK4Q9NVE7 773 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 SPATA31A1Q5TZJ5 1347 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 E9PMD0 336 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 INPP5BP32019 993 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 PAK2Q13177 524 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 NAB2Q15742 525 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 FAM26FQ5R3K3 315 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 PIK3R5Q8WYR1 880 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 DNAJC19Q96DA6 116 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 ATP6V0A2Q9Y487 856 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 IRS2Q9Y4H2 1338 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 FAM170AA1A519 330 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 RAD51CO43502 376 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 SEC24CP53992 1094 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 KLHL30Q0D2K2 578 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 C16orf86Q6ZW13 317 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 MAATS1Q7Z4T9 603 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 RAB34Q9BZG1 259 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 ZNF287Q9HBT7 754 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 RIC8AQ9NPQ8 531 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 UTP18Q9Y5J1 556 aaKnown RBP eCLIP14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 ABCB11O95342 1321 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 CPP00450 1065 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 PDHBP11177 359 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 ACTN1P12814 892 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 TNFRSF8P28908 595 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 HPDP32754 393 aaPredicted RBP14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 GSTO1P78417 241 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 SKOR1P84550 965 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 HLTFQ14527 1009 aaKnown RBP eCLIP14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 GRIPAP1Q4V328 841 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 ZCWPW2Q504Y3 356 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 GLE1Q53GS7 698 aaKnown RBP14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 TPTE2Q6XPS3 522 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 NYXQ9GZU5 481 aa14.53□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 RBAK-RBAKDNI3L0D1 243 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 KCNK3O14649 394 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 PPP4CP60510 307 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 SLC18A3Q16572 532 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 TSKSQ9UJT2 592 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 GRID2IPA4D2P6 1211 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 LSP1P33241 339 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 AMIGO3Q86WK7 504 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 OR2W6PQ8NHA6 318 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 HAS1Q92839 578 aa14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 INPP4AQ96PE3 977 aaPredicted RBP14.52□□□□□ -0.08
CLN3-210ENST00000563874 CCDC88AQ3V6T2 1871 aa14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 NR1D1P20393 614 aa14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 EPS15P42566 896 aa14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 TMEM119Q4V9L6 283 aa14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 HERC4Q5GLZ8 1057 aaPredicted RBP14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 CEP85LQ5SZL2 805 aa14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 MEI1Q5TIA1 1274 aa14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 DDX42Q86XP3 938 aaKnown RBP eCLIP14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 PLCD4Q9BRC7 762 aa14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 RIOX1Q9H6W3 641 aa14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 DDX25Q9UHL0 483 aaKnown RBP14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 KIAA1024Q9UPX6 916 aa14.52□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 GNPATO15228 680 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 SLC16A2P36021 539 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 PICALMQ13492 652 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 PDIA5Q14554 519 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 AP1M1Q9BXS5 423 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 LDHCP07864 332 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 MMP14P50281 582 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 PSMD2Q13200 908 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 MMS22LQ6ZRQ5 1243 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 PROM2Q8N271 834 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 CDCA7Q9BWT1 371 aaPredicted RBP14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 EDEM3Q9BZQ6 932 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 LUC7LQ9NQ29 371 aaKnown RBP14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 PLAAQ9Y263 795 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 PCDHGC5Q9Y5F6 944 aa14.51□□□□□ -0.09
CLN3-210ENST00000563874 CAPN7Q9Y6W3 813 aa14.51□□□□□ -0.09
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 26 ms