RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000520561.1

CSMD1-208, Transcript of CUB and Sushi multiple domains 1, human

TSL 4

Gene CSMD1, Length 527 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CSMD1-208	ENST00000520561	ABRA	Q8N0Z2	381 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	MBOAT7	Q96N66	472 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	IWS1	Q96ST2	819 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	RAB34	Q9BZG1	259 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	TMEM60	Q9H2L4	133 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	FBXO2	Q9UK22	296 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	SRPRB	Q9Y5M8	271 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	LCT	P09848	1927 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	VWA3A	A6NCI4	1184 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	TBX3	O15119	743 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	STRN	O43815	780 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	STAM2	O75886	525 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	NR3C2	P08235	984 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	LONP1	P36776	959 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	TXLNA	P40222	546 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	VEGFB	P49765	207 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	GNPTAB	Q3T906	1256 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	CEP55	Q53EZ4	464 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	C17orf99	Q6UX52	265 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	NIPA1	Q7RTP0	329 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	NLRX1	Q86UT6	975 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	PLA2G4D	Q86XP0	818 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	SLFN12	Q8IYM2	578 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	FAM133A	Q8N9E0	248 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	FSIP1	Q8NA03	581 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	IL31RA	Q8NI17	732 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	MXRA8	Q9BRK3	442 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	LRRC37A2	A6NM11	1700 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	DNAJC25-GNG10	A0A024R161	153 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	IGLV3-22	A0A075B6J6	115 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	LOC102724159	A0A0B4J2E5	919 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	SLC15A5	A6NIM6	579 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	FAM86B1	E9PN63	330 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	EDIL3	O43854	480 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	TRAK2	O60296	914 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	PGK2	P07205	417 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	FAM86B2	P0C5J1	330 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	ADORA2A	P29274	412 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	TXK	P42681	527 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	HTRA3	P83110	453 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	CNTN2	Q02246	1040 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	PDE4D	Q08499	809 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	GRB14	Q14449	540 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	PWP2	Q15269	919 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	STXBP2	Q15833	593 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	C4orf32	Q8N8J7	132 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	SYAP1	Q96A49	352 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	CDHR1	Q96JP9	859 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	FAM20A	Q96MK3	541 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	CLIC6	Q96NY7	704 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	MTMR9	Q96QG7	549 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	CSRNP2	Q9H175	543 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	JADE2	Q9NQC1	790 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	SLC5A4	Q9NY91	659 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	TCEAL9	Q9UHQ7	104 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	UBIAD1	Q9Y5Z9	338 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	SOWAHB	A6NEL2	793 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	ASB14	A6NK59	587 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	MEIS1	O00470	390 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	PFKFB1	P16118	471 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	CMA1	P23946	247 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	FCGRT	P55899	365 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	MRPS9	P82933	396 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	GRIN1	Q05586	938 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	MTMR1	Q13613	665 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	KLHL40	Q2TBA0	621 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	AXDND1	Q5T1B0	1012 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	RESP18	Q5W5W9	173 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	SHC4	Q6S5L8	630 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	DPP9	Q86TI2	863 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	VSIG10L	Q86VR7	867 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	RASSF8	Q8NHQ8	419 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	GPT2	Q8TD30	523 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	SOCS4	Q8WXH5	440 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	LENG9	Q96B70	501 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	GPRASP2	Q96D09	838 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	AK8	Q96MA6	479 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	ZNF577	Q9BSK1	485 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	ASTN1	O14525	1302 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	MSH4	O15457	936 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	GAS7	O60861	476 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	KIN	O60870	393 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	EIF3J	O75822	258 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	HSPA6	P17066	643 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	ITGB5	P18084	799 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	EDNRB	P24530	442 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	TEC	P42680	631 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CSMD1-208	ENST00000520561	SYK	P43405	635 aa		10.1	□□□□□ -0.79

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.5 ms