RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	PDE6A	P16499	860 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	MAGEA1	P43355	309 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	SCARF1	Q14162	830 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	TBC1D10C	Q8IV04	446 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	OXER1	Q8TDS5	423 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	IFIH1	Q9BYX4	1025 aa	Known RBP	12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	SH2B2	O14492	632 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	GUCY1A2	P33402	732 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	ATP6V1A	P38606	617 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	ATP2B2	Q01814	1243 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	FBXW10	Q5XX13	1052 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	MMS22L	Q6ZRQ5	1243 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	MB21D2	Q8IYB1	491 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	FANCB	Q8NB91	859 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	DYDC1	Q8WWB3	177 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	USP32	Q8NFA0	1604 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	BUB1	O43683	1085 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	PTPRE	P23469	700 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	NAA25	Q14CX7	972 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	DTHD1	Q6ZMT9	781 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	DCAF5	Q96JK2	942 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	STX8	Q9UNK0	236 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		12.35	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	PDE4D	Q08499	809 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	IFT88	Q13099	833 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	FAM114A1	Q8IWE2	563 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	SELENOO	Q9BVL4	669 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	TBX22	Q9Y458	520 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	FRMD3	A2A2Y4	597 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147		B4DLN1	442 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	PRKAB2	O43741	272 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	MMP1	P03956	469 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	HEATR3	Q7Z4Q2	680 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	MKNK2	Q9HBH9	465 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	NLRC4	Q9NPP4	1024 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	L1RE1	Q9UN81	338 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	EPB41L3	Q9Y2J2	1087 aa	Predicted RBP	12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	HGS	O14964	777 aa	Predicted RBP	12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	EZR	P15311	586 aa	Known RBP	12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	PHKA1	P46020	1223 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	PAGE5	Q96GU1	130 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	GDA	Q9Y2T3	454 aa		12.34	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		12.33	□□□□□ -0.43
CLN3-244	ENST00000636147	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	RSRC2	Q7L4I2	434 aa	Known RBP	12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	CABS1	Q96KC9	395 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	MMS19	Q96T76	1030 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	ABHD10	Q9NUJ1	306 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	SNAP23	O00161	211 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	TCERG1L	Q5VWI1	586 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	MCTP2	Q6DN12	878 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	UBLCP1	Q8WVY7	318 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	GSDMA	Q96QA5	445 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM31	Q9BZY9	425 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF185	O15231	689 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	ATP1A1	P05023	1023 aa	Known RBP	12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	PARP1	P09874	1014 aa	Known RBP	12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	ANTXR2	P58335	489 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	NBPF14	Q5TI25	921 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	RRAGA	Q7L523	313 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	BANK1	Q8NDB2	785 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	PYM1	Q9BRP8	204 aa	Known RBP	12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	UBA5	Q9GZZ9	404 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	JAG2	Q9Y219	1238 aa		12.33	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM49B	A6NDI0	452 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	FAM205C	A6NFA0	338 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	PPARA	Q07869	468 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	CEP85L	Q5SZL2	805 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	SAMD1	Q6SPF0	538 aa	Predicted RBP	12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	LRRC31	Q6UY01	552 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	FERMT2	Q96AC1	680 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	ANKZF1	Q9H8Y5	726 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	SRPRB	Q9Y5M8	271 aa	Known RBP	12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	GUCY2D	Q02846	1103 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	E2F5	Q15329	346 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	RPGRIP1	Q96KN7	1286 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC43	Q96MW1	224 aa	Known RBP	12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	MAP2K1	Q02750	393 aa	Predicted RBP	12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	NR1I3	Q14994	352 aa		12.32	□□□□□ -0.44
CLN3-244	ENST00000636147	UIMC1	Q96RL1	719 aa		12.32	□□□□□ -0.44

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