RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000578208.1

GGA3-204, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 3

Gene GGA3, Length 478 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-204	ENST00000578208	SLC3A2	P08195	630 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	BCR	P11274	1271 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	HOXD10	P28358	340 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	FCGRT	P55899	365 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ICA1	Q05084	483 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	SEPT2	Q15019	361 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	MKNK2	Q9HBH9	465 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	PTPN22	Q9Y2R2	807 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	MYH8	P13535	1937 aa		13.88	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ROBO3	Q96MS0	1386 aa		13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	AKR1B1	P15121	316 aa		13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	PSMC4	P43686	418 aa		13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	PRMT2	P55345	433 aa		13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	C12orf42	Q96LP6	360 aa		13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	HIP1	O00291	1037 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	CCDC129	Q6ZRS4	1044 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ANKRD13C	Q8N6S4	541 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		13.86	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	USP17L15	C9J2P7	530 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	USP17L11	C9JVI0	530 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	USP17L18	D6R9N7	530 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	USP17L22	D6RA61	530 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	USP17L17	D6RBQ6	530 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	USP17L19	D6RCP7	530 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	USP17L20	D6RJB6	530 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	GUCY1A2	P33402	732 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ATP2B2	Q01814	1243 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	PDE4B	Q07343	736 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	USP17L24	Q0WX57	530 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	NMI	Q13287	307 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ACER1	Q8TDN7	264 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	MYPN	Q86TC9	1320 aa		13.85	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208		A0A0D9SFI3	127 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	VCAM1	P19320	739 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	HERVK_113	P62684	666 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	PPARA	Q07869	468 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	NBPF11	Q86T75	865 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	ZNF444	Q8N0Y2	327 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	RAET1E	Q8TD07	263 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	COA7	Q96BR5	231 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	TRIM47	Q96LD4	638 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	FAM227B	Q96M60	508 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	SRRD	Q9UH36	339 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		13.84	□□□□□ -0.19
GGA3-204	ENST00000578208	SMIM22	K7EJ46	135 aa		13.83	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	SDS	P20132	328 aa		13.83	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	RASA1	P20936	1047 aa		13.83	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	LPAR1	Q92633	364 aa		13.83	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	RPAP3	Q9H6T3	665 aa	Predicted RBP	13.83	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	CWC22	Q9HCG8	908 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	GOPC	Q9HD26	462 aa		13.83	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	ZSWIM8	A7E2V4	1837 aa		13.83	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	RAD21	O60216	631 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	NEFL	P07196	543 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	TSPY3	P0CV98	308 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	TSPY8	P0CW00	308 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	EEF2	P13639	858 aa	Known RBP	13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	PDE4A	P27815	886 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	SOX10	P56693	466 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	CAP1	Q01518	475 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	TTC22	Q5TAA0	569 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	CLEC10A	Q8IUN9	316 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	TANGO6	Q9C0B7	1094 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	VCPKMT	Q9H867	229 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	MORF4L1	Q9UBU8	362 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	TMX2	Q9Y320	296 aa		13.82	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208		A0A1W2PRG0	241 aa		13.81	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	PRDM1	O75626	825 aa		13.81	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	CTGF	P29279	349 aa		13.81	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	PRKCZ	Q05513	592 aa		13.81	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	ALX1	Q15699	326 aa		13.81	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	PPP4R3B	Q5MIZ7	849 aa		13.81	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	VPS53	Q5VIR6	699 aa		13.81	□□□□□ -0.2
GGA3-204	ENST00000578208	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 44.8 ms