RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	SMR3B	P02814	79 aa	Predicted RBP	7.7	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529		Q5VSD8	79 aa		7.7	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	SPINK6	Q6UWN8	80 aa		7.7	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	TEN1	Q86WV5	123 aa		7.7	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	SPRR4	Q96PI1	79 aa		7.7	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	NDUFV3	P56181	108 aa	Known RBP	7.69	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	SMIM29	Q86T20	159 aa		7.69	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	MTURN	Q8N3F0	131 aa		7.69	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	FAT1	Q14517	4588 aa		7.68	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529		J3QR89	54 aa		7.68	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	ETDB	Q3ZM63	59 aa		7.68	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	IGLV8-61	A0A075B6I0	122 aa		7.67	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM229A	H3BQW9	127 aa		7.67	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	PLA2G1B	P04054	148 aa	Known RBP	7.67	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	DEFB105A	Q8NG35	78 aa		7.67	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	C21orf62-AS1	Q17RA5	79 aa		7.65	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	GAGE2A	Q6NT46	116 aa		7.65	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	LAMTOR3	Q9UHA4	124 aa		7.65	□□□□□ -1.18
TRAF4-208	ENST00000469529	SRRM2	Q9UQ35	2752 aa	Known RBP	7.64	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529	PDE6G	P18545	87 aa		7.64	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529	RBM3	P98179	157 aa	Known RBP	7.64	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM229B	Q4G0N7	80 aa		7.64	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529	VPS25	Q9BRG1	176 aa		7.62	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529	LOC110117498	A0A087WWA1	95 aa		7.61	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529	TRBV7-4	A0A0J9YYF1	115 aa		7.61	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP1-4	P0C5Y4	121 aa		7.61	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529		Q6JHZ5	121 aa		7.6	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1B0GW54	56 aa		7.59	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529		F8WEM9	126 aa		7.59	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529	DSCR8	Q96T75	97 aa		7.59	□□□□□ -1.19
TRAF4-208	ENST00000469529	SSBP3-AS1	Q7Z2R9	100 aa		7.58	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		7.58	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529		Q6ZQT0	140 aa		7.57	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CCK	P06307	115 aa		7.56	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	C14orf132	Q9NPU4	83 aa		7.56	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FLG2	Q5D862	2391 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	CRYGA	P11844	174 aa		7.55	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529		Q6Q795	121 aa		7.55	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	ANAPC11	Q9NYG5	84 aa		7.55	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM240A	A0A1B0GVK7	77 aa		7.54	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529		Q8NBF4	154 aa		7.54	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	ACYP1	P07311	99 aa		7.53	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	IGFL1	Q6UW32	110 aa		7.53	□□□□□ -1.2
TRAF4-208	ENST00000469529	PCP4	P48539	62 aa		7.52	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A087X002	238 aa		7.51	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529	CD164	Q04900	197 aa		7.51	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP13-2	Q52LG2	175 aa		7.51	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		7.51	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529	DMBT1	Q9UGM3	2413 aa	Predicted RBP	7.5	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529	IGLV9-49	A0A0B4J1Y8	123 aa		7.5	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1W2PNM2	257 aa		7.5	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529	SCGB1A1	P11684	91 aa		7.49	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529		J3QL48	77 aa		7.48	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529	MOBP	Q13875	183 aa		7.48	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529	C9orf153	Q5TBE3	101 aa		7.48	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1B0GV72	72 aa		7.47	□□□□□ -1.21
TRAF4-208	ENST00000469529	MYCBP2	O75592	4640 aa		7.46	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP29-1	A8MX34	341 aa	Predicted RBP	7.45	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP10-8	P60410	259 aa		7.45	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	SIGMAR1	Q99720	223 aa		7.45	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	TRBV7-7	A0A0K0K1E9	115 aa		7.44	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529		Q5XG85	94 aa		7.44	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	SPAG11A	Q6PDA7	123 aa		7.44	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		7.44	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	TYMSOS	Q8TAI1	123 aa		7.44	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	HERC1	Q15751	4861 aa		7.44	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A0G2JQZ4	141 aa		7.42	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	RPS29	P62273	56 aa	Known RBP	7.42	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	OXT	P01178	125 aa		7.41	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	LINC00846	Q9NV44	126 aa		7.41	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	SPINK1	P00995	79 aa		7.4	□□□□□ -1.22
TRAF4-208	ENST00000469529	ASB16-AS1	Q495Z4	193 aa		7.39	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A087WSZ3	146 aa		7.38	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	C4orf48	Q5BLP8	95 aa		7.38	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	UBL5	Q9BZL1	73 aa		7.38	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	CDIP1	Q9H305	208 aa		7.38	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	SS18L2	Q9UHA2	77 aa		7.38	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LINC00304	Q8N9R0	145 aa		7.37	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	FAT3	Q8TDW7	4589 aa		7.37	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	NREP	Q16612	68 aa		7.36	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LINC00643	Q86TS7	51 aa		7.36	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529		Q6ZVQ6	151 aa		7.35	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LINC00472	Q9H8W2	130 aa		7.35	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	LRP1	Q07954	4544 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
TRAF4-208	ENST00000469529	MT1HL1	P0DM35	61 aa		7.33	□□□□□ -1.24
TRAF4-208	ENST00000469529	LIMD2	Q9BT23	127 aa		7.33	□□□□□ -1.24
TRAF4-208	ENST00000469529	HRCT1	Q6UXD1	115 aa		7.32	□□□□□ -1.24
TRAF4-208	ENST00000469529	TNXB	P22105	4242 aa		7.32	□□□□□ -1.24
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP5EP2	Q5VTU8	51 aa		7.31	□□□□□ -1.24
TRAF4-208	ENST00000469529		J3KT08	172 aa		7.3	□□□□□ -1.24
TRAF4-208	ENST00000469529	CXCL6	P80162	114 aa		7.3	□□□□□ -1.24
TRAF4-208	ENST00000469529		Q96NJ1	140 aa		7.3	□□□□□ -1.24
TRAF4-208	ENST00000469529	BPY2	O14599	106 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRAF4-208	ENST00000469529	C1orf195	Q5TG92	126 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRAF4-208	ENST00000469529	IMUP	Q9GZP8	106 aa		7.26	□□□□□ -1.25
TRAF4-208	ENST00000469529	DSCR10	P59022	87 aa		7.24	□□□□□ -1.25
TRAF4-208	ENST00000469529		A8MWP4	228 aa		7.21	□□□□□ -1.26
TRAF4-208	ENST00000469529	MT-ATP8	P03928	68 aa		7.21	□□□□□ -1.26
TRAF4-208	ENST00000469529	IGKV4-1	P06312	121 aa		7.2	□□□□□ -1.26
TRAF4-208	ENST00000469529	IGKV3D-7	A0A0C4DH55	119 aa		7.19	□□□□□ -1.26

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